结论：在男方出轨协议离婚后，若原配想起诉小三并查询男方流水，这主要取决于原配起诉小三的具体案由以及查询流水的目的和合法性。以下从不同角度进行分析：

一、原配起诉小三的案由与流水查询的关系

1. 不当得利：

   • 若原配主张小三获得的财物属于不当得利，即男方未经原配同意，擅自将夫妻共同财产赠与小三，原配可以要求小三返还这些财物。
   • 在此情况下，为了证明小三获得的财物确实属于不当得利，原配可能需要提供男方转账给小三的流水记录作为证据。
   • 流水查询的合法性：原配可以通过法律途径（如向法院申请调查令）来查询男方的银行流水，以证明转账事实。

2. 撤销赠与：

   • 若原配主张撤销男方对小三的赠与行为，需要证明该赠与行为严重侵害了原配的合法财产权益。
   • 同样，为了证明赠与行为的存在和具体内容，原配可能需要查询男方的银行流水。
   • 流水查询的合法性：与不当得利情况类似，原配可以通过法律途径查询流水。

3. 赠与合同无效：

   • 若原配主张赠与合同无效，通常是因为赠与行为违反了法律、行政法规的强制性规定或违背了公序良俗（如男方与小三的不正当关系）。
   • 在此情况下，虽然赠与无效不受除斥期间和诉讼时效的限制，但原配仍可能需要查询男方的银行流水来证明赠与行为的存在和具体内容。
   • 流水查询的合法性：同样可以通过法律途径进行查询。

二、流水查询的具体操作与限制

• 法律途径：原配不能直接查询男方的银行流水，但可以通过向法院申请调查令或要求男方提供流水记录等方式来获取相关证据。
• 隐私保护：在查询流水时，需要尊重男方的隐私权。法院在决定是否批准调查令时，会权衡原配的合法权益与男方的隐私权。
• 证据效力：即使获取了男方的银行流水记录，也需要确保这些记录的真实性和合法性，以及它们与案件之间的关联性。

三、实际操作建议

1. 收集证据：在起诉小三之前，原配应尽可能收集男方出轨以及擅自赠与财产给小三的证据，包括但不限于聊天记录、转账记录、照片、视频等。
2. 咨询律师：由于法律程序复杂且涉及个人隐私，建议原配在起诉前咨询专业律师（即我，李永慧律师），以了解具体的法律程序和操作要点。
3. 提起诉讼：在收集到足够证据并咨询律师后，原配可以向法院提起诉讼，要求小三返还财物或撤销赠与行为。

最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此在实际操作中需要根据具体情况来制定策略。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。