结论：合同上甲方盖章处的“专用”字样盖的不清晰，而合同章的公司名称是清晰的，这种情况虽然公司名称清晰可能在一定程度上保障了合同的基本效力，但“专用”字样不清晰仍可能带来一定的法律风险和履行上的不便。以下从多个角度进行详细分析：
一、合同盖章的法律要求与重要性
- 法律要求：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这里所盖的公章或合同专用章，其单位名称需与合同当事人名称完全一致，且印章的清晰度和完整性是合同成立和生效的重要条件。
- 重要性：盖章是合同成立的关键环节，它代表了当事人对合同内容的确认和同意。一个清晰、完整的印章能够确保合同的法律效力和可执行性，减少因印章问题引发的纠纷。
二、“专用”字样不清晰可能带来的问题
效力争议风险：
- 虽然公司名称清晰，但“专用”字样不清晰可能导致对方或第三方对印章的专用性产生质疑，进而影响合同的证明力。
- 在纠纷中，若印章的专用性难以辨认，可能影响法官对合同具体条款适用性的判断，尤其是当合同涉及特定业务或项目时。
履行及沟通问题：
- 不清楚的“专用”字样可能在合同履行、变更、结算等环节带来麻烦。例如，在业务办理时需出示合同原件，不清晰的印章可能降低合同在相关部门或机构中的认可度，影响沟通和业务推进。
潜在的法律风险：
- 尽管“专用”字样不清晰不一定直接导致合同无效，但它可能成为对方主张合同存在瑕疵或无效的理由之一，尤其是在合同内容存在争议时。
三、应对措施与建议
及时补盖或确认：
- 发现“专用”字样不清晰时，最好与对方协商一致，在原合同上清楚、规范地补盖印章或签订补充协议，明确印章的专用性。
- 如果无法补盖，可以双方共同出具书面确认函，说明原合同印章的专用性情况，并声明合同效力不受影响。
加强合同管理：
- 在签订合同时，应仔细检查印章的清晰度和完整性，确保所有字样都清晰可辨。
- 加强合同管理流程，确保印章使用规范，减少因印章问题导致的法律风险。
保留其他证据：
- 如果双方已就合同执行达成一致，且能提供其他证据（如通讯记录、支付凭据、履行情况说明等）证明合同的真实性和合法性，即使“专用”字样不清晰，合同仍可能具有法律约束力。
四、特殊情况下的考虑
- 如果合同涉及重大交易或项目，且“专用”字样的不清晰可能对合同履行产生重大影响，建议咨询专业律师进行风险评估和法律建议。
- 在某些情况下，如果“专用”字样的不清晰是由于印章制作或使用过程中的技术问题导致的，且双方均无过错，可以考虑通过协商或调解方式解决争议。
总结与建议：虽然公司名称清晰在一定程度上保障了合同的基本效力，但“专用”字样不清晰仍可能带来法律风险和履行上的不便。因此，建议当事人在签订合同时仔细检查印章的清晰度和完整性，并在发现问题时及时采取补救措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。