回复对方单位的工作联系函，使用复函是合适的。以下从几个方面进行详细分析：

1. 复函的定义与适用场景：

   • 复函，即答复函，是专为答复来函一方的询问、要求或意见而制发的公文。它适用于不相隶属机关之间相互商洽工作、询问和答复问题，以及向有关主管部门请求批准事项等场景。在合同纠纷的语境下，当对方单位发来工作联系函，就合同相关事宜进行询问或提出要求时，使用复函进行答复是恰当且专业的。

2. 复函在合同纠纷中的具体应用：

   • 在合同纠纷中，双方可能就合同条款的解释、履行情况、违约责任等问题进行沟通。当一方（如对方单位）发来工作联系函，就这些问题提出询问或要求时，另一方（如你方）可以通过复函的形式，对来函中的问题进行逐一答复，明确己方的立场和态度，从而推动纠纷的解决。

3. 复函的撰写要点：

   • 标题：应明确标出“复函”字样，并注明发文机关名称、事由和文种，如“关于XX合同纠纷的复函”。
   • 主送机关：应写明来函单位的名称，确保复函能够准确送达。
   • 正文：应首先引述来函的标题、发文字号，然后针对来函中的问题进行答复。答复应明确、具体，避免模糊其辞或产生歧义。同时，可以根据需要，提出己方的意见或建议，以促进纠纷的妥善解决。
   • 结尾：可写“此复”、“特此复函”等惯用语，以表示答复的完毕。
   • 落款：应写明发文机关名称和发文日期，并加盖公章，以确保复函的正式性和有效性。

4. 注意事项：

   • 在撰写复函时，应确保答复的内容准确无误，避免因为表述不清或理解错误而引发新的纠纷。
   • 复函的语气应平和、客观，避免使用过于强硬或情绪化的言辞，以维护双方的良好关系。
   • 如果复函中涉及重要事项或敏感信息，应提前与相关部门或领导进行沟通，确保答复的准确性和合规性。

综上所述，回复对方单位的工作联系函时，使用复函是合适且专业的选择。在撰写复函时，应遵循复函的撰写要点和注意事项，确保答复的准确性和有效性。如果你在合同纠纷或其他法律领域有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。