针对您提出的“职务侵占超过3万不到6万怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、职务侵占罪的入罪标准
首先，需要明确的是，根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》以及相关法律规定，职务侵占罪的“数额较大”起点通常为6万元。因此，职务侵占金额超过3万但不到6万，并未达到职务侵占罪的入罪标准，不构成刑事犯罪。
二、民事责任
尽管不构成刑事犯罪，但职务侵占行为仍然侵害了公司、企业或其他单位的财产权益，属于民事侵权行为。被侵害单位可以通过以下途径维护自身权益：
收集证据：包括财务账目、交易记录、证人证言等，以证明行为人实施了职务侵占行为及侵占财产的具体数额。
协商解决：在证据充分的情况下，被侵害单位可以尝试与行为人进行沟通协商，要求其返还侵占的财物。这种方式有助于快速解决纠纷，保持双方关系。
提起民事诉讼：若协商无果，被侵害单位可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，要求行为人返还财产并赔偿损失。法院在审理后会依法作出判决，要求行为人承担相应的民事责任。
三、行政责任
即使职务侵占数额未达到刑事责任标准，但如果行为符合《中华人民共和国治安管理处罚法》中关于盗窃、诈骗、哄抢、抢夺、敲诈勒索或故意损毁公私财物等情形的规定，被侵害单位仍可以向公安机关报案，由公安机关依法对行为人进行治安处罚，包括拘留和罚款等。
四、企业内部处理
除了民事和行政责任外，行为人还可能面临企业内部的纪律处分。企业可以依据自身规章制度对实施职务侵占行为的员工进行纪律处分，如警告、记过、降职、辞退等。同时，如果因为员工的职务侵占行为导致企业遭受了经济损失，企业还可以要求员工承担经济赔偿责任。
五、积极退赃与取得谅解的影响
对于行为人而言，如果能够积极退赃并取得被害单位的谅解，且没有其他严重情节，这有助于减轻其法律后果。例如，检察院有可能作出不起诉决定，或者即使案件进入法院程序，符合缓刑适用条件的，也有可能被判缓刑。
六、自首、立功及配合调查的作用
行为人如果有自首、立功表现，或者积极配合调查的，可以从轻或减轻处罚。因此，建议行为人尽快寻求专业律师帮助，并积极配合相关调查和处理工作，以期获得更有利的法律结果。
综上所述，职务侵占金额超过3万不到6万虽然不构成刑事犯罪，但行为人仍需承担民事、行政及企业内部纪律处分等多重法律责任。因此，无论是公司还是个人，都应对此类行为进行严格的防范和打击，以维护公司的合法权益和良好的职场环境。