结论前置：公司通过调整薪资结构变相降薪，员工是可以申请劳动仲裁的。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题。
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。劳动合同一旦签订，即具有法律效力，双方均应遵守。其中，薪资结构作为劳动合同的重要组成部分，一旦确定，未经双方协商一致，不得随意变更。
如果公司未经员工同意，擅自调整薪资结构，导致员工实际收入减少，这实际上构成了对劳动合同的变更，且这种变更是单方面的、不合法的。员工有权依据劳动合同法的规定，维护自己的合法权益。
二、变相降薪的认定
变相降薪通常表现为公司通过调整薪资结构，如降低基本工资、提高绩效工资比例但实际绩效难以达成、取消或减少奖金等，来达到降低员工实际收入的目的。这种行为往往具有隐蔽性，不易被员工直接察觉。
在认定变相降薪时，我们需要关注以下几点：
- 薪资结构的变化：公司是否对薪资结构进行了调整，且这种调整是否导致了员工实际收入的减少。
- 协商过程：公司是否与员工就薪资结构的调整进行了充分的协商，并达成了共识。如果未经协商或协商未果，公司单方面调整薪资结构，则可能构成变相降薪。
- 实际影响：薪资结构的调整是否对员工的实际生活产生了负面影响，如导致员工经济困难、生活质量下降等。
三、劳动仲裁的流程与建议
如果员工认为公司存在变相降薪的行为，可以按照以下步骤申请劳动仲裁：
- 收集证据：员工需要收集相关证据，如劳动合同、薪资单、银行流水记录、公司调整薪资结构的通知或文件等，以证明公司存在变相降薪的行为。
- 提交仲裁申请：员工可以向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。在申请中，员工需要明确陈述自己的诉求和事实依据。
- 参与仲裁过程：在仲裁过程中，员工需要积极参与，配合仲裁委员会的调查和调解工作。如果仲裁委员会认为公司存在变相降薪的行为，且员工诉求合理，将作出裁决支持员工的诉求。
建议：
- 在申请劳动仲裁前，员工可以先尝试与公司进行协商，看是否能够达成和解。如果协商无果，再考虑申请劳动仲裁。
- 在收集证据时，员工需要确保证据的真实性和完整性。如果可能的话，可以请专业人士协助收集证据，以提高证据的证明力。
- 在参与仲裁过程时，员工需要保持冷静和理性，积极配合仲裁委员会的工作。同时，也可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
如果公司被认定存在变相降薪的行为，且员工诉求合理，仲裁委员会将作出裁决支持员工的诉求。公司可能需要承担以下法律后果：
- 补发工资：公司需要按照劳动合同的约定，补发员工因变相降薪而减少的工资收入。
- 支付经济补偿：如果公司的变相降薪行为给员工造成了经济损失或精神损害，公司可能还需要支付相应的经济补偿或赔偿金。
- 行政处罚：如果公司的变相降薪行为违反了相关法律法规的规定，劳动行政部门还可能对公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
综上所述，公司通过调整薪资结构变相降薪是违法的行为，员工有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果你遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。