结论：继承房产侵占方在归还房产时，对侵占期间产生的违法自建房要求补偿一般是不合法的。以下从不同角度进行详细分析：
违法自建房的性质
违法自建房，通常指的是未经相关部门批准，擅自改变土地用途或违反规划要求建设的建筑物。这类建筑物由于违反了法律法规的强制性规定，其合法性本身就存在严重问题。根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，违法建筑是不受法律保护的，相关部门有权依法进行拆除或处罚。
继承房产与违法自建房的关系
在继承房产的纠纷中，侵占方在侵占期间擅自建设的违法建筑，并不属于继承房产的合法组成部分。因此，当侵占方被要求归还继承房产时，其无权就违法自建房部分要求补偿。这是因为违法建筑本身就不具有合法的财产权益，不能作为要求补偿的依据。
法律后果与责任
- 拆除责任：对于违法自建房，相关部门有权依法进行拆除。如果侵占方不自行拆除，可能会面临强制拆除的风险，并承担由此产生的相关费用。
- 法律责任：侵占方在侵占期间擅自建设违法建筑，还可能面临行政处罚或刑事责任。这取决于违法建筑的性质、规模以及造成的后果等因素。
特殊情况分析
虽然一般情况下违法自建房不能要求补偿，但也存在一些特殊情况需要考虑：
- 善意第三人：如果违法自建房的建设者是善意第三人（即不知道该土地或房产存在纠纷或违法情况），且其建设行为符合当地的相关规定（尽管最终被认定为违法），那么在某些情况下，可能会考虑给予一定的补偿或安置。但这种情况非常罕见，且需要严格的法律程序和证据支持。
- 历史遗留问题：对于一些历史遗留的违法建筑，如果其建设时间较早，且当时的相关法律法规尚不完善或执行不严，那么在处理时可能会考虑一定的历史因素。但这并不意味着违法建筑就因此变得合法或可以要求补偿。
建议与措施
- 协商解决：在继承房产纠纷中，双方可以尝试通过协商的方式解决争议。如果侵占方愿意自行拆除违法自建房并归还继承房产，那么可以考虑给予一定的经济补偿（但这种补偿应基于合法、合理的原则，且不能违反法律法规的强制性规定）。
- 法律途径：如果协商无果，双方可以通过法律途径解决争议。侵占方应认识到其违法行为的严重性，并主动承担相应的法律责任。而继承方则可以通过法律手段维护自己的合法权益。
总结：继承房产侵占方在归还房产时，对侵占期间产生的违法自建房要求补偿一般是不合法的。双方应通过协商或法律途径解决争议，并确保处理结果符合法律法规的强制性规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。