公司恶意扣除奖金，劳动者可以采取以下措施维护自身权益：
核查公司规章制度与劳动合同
首先需确认公司扣除奖金的行为是否有合法依据。根据《劳动合同法》第三十五条，公司调整薪酬（包括奖金）需与劳动者协商一致，且不得违反法律法规或劳动合同约定。若劳动合同或公司规章制度中明确约定了奖金发放条件（如业绩达标、考勤合格等），需核实公司扣除奖金是否符合约定条件。若公司无法提供合法依据，则可能构成违法克扣工资。
与公司协商解决
若发现公司扣除奖金无合理理由，可先通过书面或邮件形式与公司人力资源部门或上级沟通，要求说明扣除奖金的具体原因及依据，并保留沟通记录（如邮件、聊天记录）。若公司承认错误或承诺补发，可要求出具书面补发承诺；若公司拒绝沟通或态度强硬，则需进一步采取法律手段。
向劳动监察部门投诉
根据《劳动保障监察条例》第十一条，劳动者可向当地劳动监察大队投诉公司违法克扣工资的行为。投诉时需提交以下材料：
- 劳动合同或能证明劳动关系的材料（如工资条、考勤记录）；
- 公司扣除奖金的证据（如工资条、银行流水、公司通知等）；
- 与公司沟通的记录（如邮件、聊天记录）。
劳动监察部门调查后，若认定公司违法，会责令公司限期支付奖金，并可能对公司处以罚款。
- 申请劳动仲裁
若投诉未果或公司拒不执行劳动监察部门的整改要求，劳动者可向劳动合同履行地或公司所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张以下权益：
- 要求公司支付被克扣的奖金及利息；
- 若公司行为导致劳动者离职，可主张经济补偿金（按工作年限计算，每满一年支付一个月工资）；
- 若公司存在恶意拖欠工资的行为，可主张加付赔偿金（最高为应付金额的50%-100%）。
仲裁申请需在知道或应当知道权益被侵害之日起1年内提出，并提交仲裁申请书、身份证复印件、证据材料等。
- 提起诉讼
若对仲裁结果不服，劳动者可在收到仲裁裁决书之日起15日内向法院提起诉讼。诉讼阶段需准备更充分的证据（如公司财务记录、证人证言等），以证明公司恶意扣除奖金的事实。
温馨提示：
- 日常工作中注意保留与奖金相关的证据（如公司发布的奖金制度、业绩考核结果、工资条等），避免因证据不足导致维权困难；
- 若公司以“经营困难”为由扣除奖金，需核实公司是否已按《企业破产法》规定进入破产程序，或是否已与工会、职工代表协商并达成一致，否则仍属违法；
- 维权过程中保持冷静，避免与公司发生直接冲突，所有沟通尽量通过书面形式进行，以固定证据。
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为你详细分析。