关于重新签订的还款协议中原先已还款项是否计入的问题，这主要取决于新协议的具体条款内容以及双方当事人的真实意思表示。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 新协议明确约定原先还款的处理方式：

   • 如果新签订的还款协议中明确写明了原先已经偿还的款项如何处理，比如是否计入新的还款总额、是否作为部分履行等，那么应当按照新协议的约定来执行。这种情况下，原先的还款行为及其效果将直接受到新协议条款的约束。

2. 新协议未明确约定原先还款的处理方式：

   • 如果新协议中没有明确提及原先已经偿还的款项如何处理，那么就需要根据双方当事人的真实意思表示以及交易习惯、公平原则等来进行推断。
   • 从真实意思表示的角度：如果双方当事人在签订新协议时，都明确表示原先的还款应当计入新的还款总额中，或者双方对此有共同的预期和理解，那么即使新协议中没有明确写明，也应当认为原先的还款是有效的，并计入新的还款计划中。
   • 从交易习惯和公平原则的角度：在缺乏明确约定的情况下，也可以参考类似交易中的通常做法或者公平原则来推断原先还款的处理方式。例如，如果原先的还款是按照一定的比例或者金额进行的，且新协议中的还款总额与原先的债务总额之间存在一定的逻辑关系，那么可以合理推断原先的还款是应当被计入的。

3. 法律后果与风险提示：

   • 如果原先的还款被新协议所认可并计入新的还款总额中，那么债务人就需要按照新协议的约定继续履行还款义务。如果债务人未能按照约定履行，债权人则有权依据新协议向债务人主张权利。
   • 如果原先的还款未被新协议所认可或者双方对此存在争议，那么就可能引发新的纠纷。在这种情况下，建议双方当事人通过协商、调解或者诉讼等方式来解决争议，并明确原先还款的处理方式以及新协议的履行问题。

建议：为了避免类似的争议和纠纷，建议在签订新的还款协议时，双方当事人应当明确约定原先已经偿还的款项如何处理，包括是否计入新的还款总额、如何计算剩余债务等。同时，也可以考虑在协议中增加一些保障条款，如违约责任、争议解决方式等，以进一步保障双方的权益。

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