个人付款到公司账户，公司能否开具增值税专用发票（专票）以及是否合法，需分情况讨论：

1. 业务真实且符合税法规定
   若个人付款是基于真实的业务往来（例如个人代公司支付货款、服务费等，且后续公司需向个人归还或个人实际为业务发起方），且该业务属于增值税应税范围（如销售货物、提供服务等），公司可以按照实际交易金额向个人开具专票。合法性前提：

   • 业务真实存在，无虚构交易；
     
   • 个人与公司之间存在合理的资金往来逻辑（如代付、借款等需有书面协议）；
     
   • 公司按税法规定申报纳税，个人未用于非法用途（如虚开发票、骗税等）。

2. 业务不真实或违反税法规定
   若个人付款无真实业务背景（例如仅为“走账”或帮助公司虚增收入），或公司通过个人账户收款逃避税务监管（如隐瞒收入、偷逃税款），则开具专票属于违法行为。

   • 风险点：
     
     • 虚开发票：根据《刑法》第二百零五条，虚开专票可能构成犯罪，最高可处无期徒刑；
       
     • 税务处罚：公司可能面临补税、滞纳金、罚款（甚至吊销营业执照）；
       
     • 个人风险：若参与虚开或协助逃税，可能被追究连带责任。

3. 特殊情形：个人代开发票
   若个人作为业务实际提供方（如个人提供咨询服务），需先到税务机关代开普通发票，公司无法直接对其开具专票。但若个人注册为个体工商户或小规模纳税人，且符合专票开具条件（如月销售额超10万元），可自行开具专票。

建议：

• 确保业务真实、资金流向清晰，保留合同、付款凭证等证据；
  
• 避免通过个人账户长期、大额代收公司款项，防止被认定为“账外收入”；
  
• 若涉及复杂交易结构，建议提前咨询税务机关或专业律师，规避合规风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我提问，我会结合具体场景为您详细分析。