针对您提出的问题，关于三岁孩子被车撞后头部留疤，出院费用仅两千元时司机责任保险公司应如何赔偿，以下是我的详细解答：

1. 赔偿范围与原则

   • 首先，根据《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，交通事故造成人身损害的，赔偿范围通常包括医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入（对于未成年人，主要是监护人的误工费，但实践中可能根据具体情况判断是否支持）。若孩子头部疤痕构成伤残，还可主张残疾赔偿金。
   • 赔偿原则遵循“全面赔偿”与“合理赔偿”相结合，即赔偿应覆盖所有实际损失，但需合理，不得过度索赔。

2. 保险公司赔偿流程

   • 报案与查勘：事故发生后，应立即向保险公司报案，保险公司会派员查勘现场，了解事故经过。
   • 提交材料：随后，需向保险公司提交相关证明材料，包括但不限于医疗费发票、诊断证明、出院小结、费用清单、身份证明等。对于头部疤痕，若可能构成伤残，还需进行伤残鉴定，并提交鉴定报告。
   • 审核与赔付：保险公司收到材料后，会进行审核，确认赔偿项目和金额。对于医疗费部分，保险公司通常会根据实际发生的费用进行赔付；对于其他费用，如护理费、营养费等，会根据当地标准或实际支出情况确定。若孩子头部疤痕构成伤残，保险公司将根据伤残等级支付相应的残疾赔偿金。

3. 特殊情况与注意事项

   • 疤痕处理与后续治疗：若孩子头部疤痕需要后续治疗或整形手术，相关费用也应纳入赔偿范围。此时，需保留好后续治疗的医疗记录和费用发票。
   • 精神损害赔偿：虽然法律上对于精神损害赔偿有严格的规定，但孩子因事故导致头部留疤，可能对其心理造成一定影响。在特定情况下，可以主张精神损害赔偿，但需提供充分证据证明精神损害的存在及程度。
   • 协商与诉讼：若与保险公司就赔偿金额无法达成一致，可以先尝试通过协商解决；协商无果的，可以向人民法院提起诉讼，由法院根据事实和法律作出判决。

4. 针对您情况的具体建议

   • 鉴于孩子出院费用仅为两千元，但头部留疤可能涉及后续治疗和可能的伤残赔偿，建议您：
     • 立即向保险公司报案，并提交所有相关医疗记录和费用发票。
     • 咨询专业机构或医生，了解孩子头部疤痕的后续治疗需求和可能的伤残等级。
     • 若可能构成伤残，及时进行伤残鉴定，并提交鉴定报告给保险公司。
     • 与保险公司保持沟通，了解赔偿进度和金额，必要时寻求法律援助或提起诉讼。

总结：保险公司应赔偿的范围包括实际发生的医疗费、护理费、营养费等合理费用，以及可能的残疾赔偿金和精神损害赔偿（需满足法定条件）。具体赔偿金额需根据实际情况和当地标准确定。建议您积极与保险公司沟通，并保留好所有相关证据和材料。如有需要，可以随时向我咨询相关法律问题。