关于您提出的“旷工三天自动离职，取消除底薪外福利是否合法”的问题，这同样需要依据公司规章制度的合法性、合理性、公示情况以及具体执行程序来综合分析。以下是对此问题的详细解答：
一、合法性分析
公司规章制度：
- 首先，公司规章制度中必须明确规定旷工达到一定天数（如三天）将视为自动离职，并且明确说明自动离职将取消除底薪外的其他福利。这一规定需要遵循《劳动合同法》等相关法律法规，确保内容的合法性。
- 规章制度应经过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，以确保其合理性。
- 规章制度必须向劳动者公示或告知，确保劳动者知晓并理解相关规定，这是规章制度生效的必要条件。
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确约定了旷工达到三天及以上，公司有权解除劳动合同或视为自动离职，并且取消除底薪外的其他福利，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司的这一做法在合同层面是合法的。
执行程序：
- 在员工旷工三天后，公司应按照规章制度和法定程序进行处理，包括书面通知员工、说明处理理由和依据等。如果公司未遵循这些程序，其处理行为可能被视为不合法。
二、不合法情况分析
规章制度不合法或不合理：
- 如果公司规章制度未经民主程序制定，或内容违反法律法规，或未向劳动者公示，那么该规章制度不能作为处理员工的合法依据。
存在误解或不可抗力：
- 如果员工旷工是由于不可抗力因素（如突发疾病、家庭紧急情况等）导致，或员工对旷工的认定存在误解，且公司未经调查核实就直接处理员工，这种处理行为很可能被认定为不合法。
执行程序不合法：
- 如果公司在处理过程中未遵循法定程序，如未书面通知员工、未说明处理理由和依据等，那么其处理行为可能构成违法解除或违法处理。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果公司的处理行为被认定为合法，那么员工将失去除底薪外的其他福利，且可能面临劳动合同的解除。
- 如果公司的处理行为被认定为不合法，那么公司可能需要向员工支付赔偿金，并面临法律诉讼的风险。
建议：
- 公司应确保规章制度的合法性、合理性和公示性，避免因为规章制度的问题而引发法律纠纷。
- 在处理员工旷工问题时，公司应严格按照规章制度和法定程序进行操作，确保处理行为的合法性和公正性。
- 如果员工对处理行为存在异议，公司应积极与员工沟通协商，寻求妥善解决方案，避免矛盾升级。
综上所述，旷工三天自动离职并取消除底薪外福利是否合法，取决于公司规章制度的合法性、合理性、公示情况以及具体执行程序。公司应谨慎处理此类问题，以确保自身行为的合法性。