自然依职权撤销违规土地使用证的行为，并不直接因行政复议超时效而不被受理，但行政复议超时效可能会影响当事人通过行政复议途径寻求救济的权利。以下从几个方面进行详细分析：

1. 行政复议时效的基本规定：

   • 根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请；但是法律规定的申请期限超过六十日的除外。
   • 如果因不可抗力或者其他正当理由耽误法定申请期限的，申请期限自障碍消除之日起继续计算。

2. 依职权撤销违规土地使用证与行政复议的关系：

   • 依职权撤销违规土地使用证是行政机关对违法行为的纠正行为，它本身并不直接受行政复议时效的限制。行政机关在发现土地使用证违规后，有权依职权进行撤销。
   • 然而，如果当事人对行政机关的撤销行为不服，想要通过行政复议途径寻求救济，那么就需要在法定的行政复议时效内提出申请。

3. 行政复议超时效的后果：

   • 如果当事人超过了法定的行政复议时效才提出申请，行政复议机关通常会以超过时效为由不予受理。
   • 这并不意味着行政机关的撤销行为就因此变得合法或不可挑战，而是当事人失去了通过行政复议这一特定途径来寻求救济的权利。

4. 其他救济途径：

   • 即使行政复议超时效，当事人仍然可以通过其他途径来维护自己的合法权益，比如提起行政诉讼。
   • 在行政诉讼中，法院会对行政机关的撤销行为进行合法性审查，并作出相应的判决。

5. 实际操作中的建议：

   • 对于当事人来说，如果发现自己的土地使用证被违规撤销，或者对行政机关的撤销行为有异议，应当尽快了解相关的法律程序和时效规定。
   • 在法定的时效内提出行政复议申请或者准备提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

总结来说，自然依职权撤销违规土地使用证的行为本身并不受行政复议时效的限制，但当事人如果想要通过行政复议途径来寻求救济，就必须在法定的时效内提出申请。如果超过了时效，虽然失去了行政复议这一救济途径，但仍然可以通过其他法律途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。