农民在种地过程中自行留种的行为，其合法性确实需要根据种子的具体类型和相关法律规定来综合判断。以下是对这一问题的详细解答：

一、一般情况下，农民自行留用常规种子不违法

根据《中华人民共和国种子法》的相关规定，农民个人自繁自用的常规种子，在有余量的情况下，是可以在当地集贸市场上出售、串换的，且无需办理种子生产经营许可证。这里的常规种子，指的是通过常规育种方法培育、遗传性状稳定的种子，比如我们常见的传统农作物品种，如常规水稻、小麦等。农民在收获后留下部分作为下一年的种子，这种行为是合法的，也是传统农业生产习惯的一部分。

二、特殊情况下，农民自行留种可能违法

1. 受保护品种（包括杂交种子）：

   • 如果农民种植的是受植物新品种权保护的种子，比如杂交种子，那么未经品种权人许可，擅自留种并用于下一年种植，就可能构成对植物新品种权的侵犯。因为品种权人对其培育出的新品种享有排他独占权，包括生产、繁殖、销售或重复使用授权品种的繁殖材料等。

2. 转基因种子：

   • 转基因种子的生产、销售和使用受到严格监管。根据《农业转基因生物安全管理条例》，从事农业转基因生物生产、加工的单位和个人需取得相应许可，并遵守相关规定。因此，农民若自行留种转基因种子并用于下一年种植，将违反转基因生物管理的相关法律法规，属于违法行为。

三、农民自留种子时需要注意的其他事项

1. 种子质量与安全：

   • 自留的种子必须符合国家制定的种子质量、纯度和适应性标准，不得携带病虫害或存在其他安全隐患。否则，即使是为了自用，也可能因违反相关规定而构成违法行为。

2. 商业用途与销售限制：

   • 如果农民将自留的种子用于商业销售或大规模种植，必须遵守相关的注册、许可和检疫要求。未遵守这些要求的行为是违法的，可能面临法律制裁。

四、综合建议

农民在种地留种时，应首先了解所种植种子的性质和相关法律规定。对于常规种子，可以自行留种使用；但对于受保护品种或转基因种子，则需谨慎处理，避免侵犯他人权利或违反法律法规。如有不确定之处，建议咨询专业法律人士或农业部门工作人员以获取准确指导。这样既能保障自己的合法权益，也能避免不必要的法律风险和经济损失。