当员工在怀孕期间遇到公司倒闭的情况时，确实会面临一些特殊的权益保障问题。以下是根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，为您详细解答的赔偿流程和相关权益：
一、经济补偿
计算依据：
- 根据《劳动合同法》第四十四条和第四十六条的规定，公司因破产等原因终止劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿。
- 经济补偿的计算方式是：每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
月工资的定义：
- 月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，这包括基本工资、奖金、津贴等所有应得收入。
- 如果您的月工资高于当地上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按照职工月平均工资的三倍来支付，但最高支付年限不超过十二年。
二、三期（孕期、产期、哺乳期）待遇补偿
孕期待遇：
- 孕妇在孕期的工资应正常发放至劳动合同终止日。
- 如果公司倒闭时您已处于孕期，公司应支付孕期内剩余时间的工资损失，这通常按月工资标准乘以剩余孕期月数来计算。
产期待遇：
- 产期工资将按照当地产假天数和您的原工资标准来计算。
- 生育津贴将由生育保险基金支付（前提是公司已为您缴纳生育保险），标准为公司上年度职工月平均工资。如果生育津贴低于您的工资，差额部分应由公司补足。
哺乳期待遇：
- 通常，公司会支付哺乳期（一般为一年）的工资损失，这按月工资标准乘以12个月来计算。
三、医疗费用
- 公司应承担您在孕期的医疗费用，包括产前检查、分娩等费用，以确保您能够享受必要的医疗保障。
四、其他权益保障
社保缴纳：
- 公司倒闭时，应确保为您足额缴纳社会保险至劳动合同终止之日，以保障您的医疗、生育等权益。
优先受偿：
- 在公司破产清算时，您的工资、经济补偿金、三期待遇及社保费用等属于优先清偿范围，将优先于其他债权得到清偿。
五、维权途径
- 如果公司未依法支付相应赔偿，您可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等法律途径来维护自己的权益。
- 在此过程中，请务必保留好劳动合同、工资流水、医疗费用单据等相关证据，以便在必要时提供证明。
综上所述，作为怀孕期间的员工，在公司倒闭时您应依法获得全面的经济补偿和三期待遇补偿，同时享有医疗费用报销和优先受偿权。希望这些信息能够帮助您更好地了解自己的权益，并在必要时采取合适的行动来维护自己的合法权益。