申请破产时欠的工程款属于破产债权，其计算和清偿需依据《中华人民共和国企业破产法》及相关司法解释确定，具体规则如下：

1. 工程款债权的确认

• 优先受偿权：根据《民法典》第807条及《企业破产法》司法解释，承包人对建设工程价款享有优先受偿权，优先于抵押权和其他债权受偿。但需满足以下条件：
  • 工程款债权需经法院或仲裁机构确认；
  • 优先受偿范围限于工作人员报酬、材料款等实际支出，不包括逾期利息、违约金等；
  • 优先权行使期限为自建设工程竣工之日或合同约定竣工之日起18个月内（司法解释最新规定）。
• 普通债权：若工程款未在优先权期限内主张，或超出优先权范围的部分（如利润、违约金），将作为普通破产债权参与分配。

2. 工程款金额的计算

• 合同约定优先：以双方签订的施工合同、补充协议等书面文件为准，明确工程款总额、支付方式及节点。
• 实际履行调整：若合同未履行完毕或存在变更，需结合实际完成工程量、签证单、结算文件等证据，通过审计或鉴定确定最终金额。
• 利息与违约金：破产程序中，工程款利息通常计算至破产申请受理日，违约金可能因“惩罚性”属性不被认定为破产债权（需结合具体案情判断）。

3. 清偿顺序与比例

• 优先权清偿：工程款优先受偿部分在破产财产中优先支付，但需扣除已支付的款项及留置权等更优先权利。
• 普通债权分配：剩余工程款作为普通债权，按破产财产分配方案按比例受偿（通常比例较低，因破产财产需覆盖职工债权、税款等优先债权）。
• 例外情形：若破产企业财产不足以清偿全部优先债权的，按比例分配；若财产仅够清偿职工债权和税款的，工程款可能无法受偿。

4. 实务建议

• 及时申报债权：在破产管理人指定的期限内提交工程款债权申报材料，包括合同、结算单、发票等证据。
• 主张优先权：在优先权期限内通过诉讼或仲裁确认债权，并向管理人提交优先权主张文件。
• 参与债权人会议：了解破产程序进展，监督财产分配方案，必要时对管理人决定提出异议。

提示：工程款债权在破产程序中的处理涉及复杂法律规则，建议结合具体合同、履行情况及破产企业财产状况综合分析。如有疑问，可直接向我提供详细案情，我将进一步解答。