车位使用权转让协议签三份是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

协议份数的合法性基础

在法律上，并没有对车位使用权转让协议的份数作出明确限制。协议的份数主要取决于当事人的约定和实际需要。一般来说，为了确保各方都能持有协议原件，便于在需要时查阅和证明自己的权利义务，当事人会选择签订多份协议。因此，签订三份车位使用权转让协议是完全合法的。

协议份数与效力的关系

1. 协议效力不受份数影响：无论签订多少份车位使用权转让协议，只要协议内容合法、双方意思表示真实，且不存在其他无效情形（如欺诈、胁迫等），那么这些协议都是有效的。每份协议都具有同等的法律效力，对双方当事人产生约束。
2. 多份协议内容需一致：虽然签订多份协议是合法的，但必须确保每份协议的内容完全一致。如果多份协议之间存在内容差异，可能会导致协议解释上的争议，甚至影响协议的效力。因此，在签订多份协议时，务必仔细核对每份协议的内容，确保它们完全一致。

实际操作中的建议

1. 明确协议份数和持有方：在签订车位使用权转让协议时，双方应明确约定协议的份数以及每份协议的持有方。这有助于避免未来可能出现的争议和纠纷。
2. 妥善保管协议原件：由于协议原件是证明双方权利义务的重要依据，因此双方应妥善保管各自持有的协议原件。在需要时，可以出示协议原件来维护自己的合法权益。
3. 考虑公证或见证：为了增强协议的证明力和可信度，双方可以考虑对车位使用权转让协议进行公证或见证。公证或见证可以确保协议的真实性和合法性，为双方提供更强的法律保障。

可能的法律后果

如果车位使用权转让协议签订不当或存在争议，可能会引发一系列法律后果。例如，如果协议内容违法或存在欺诈、胁迫等情形，那么协议可能会被认定为无效；如果双方因协议内容产生争议且无法协商解决，那么可能需要通过诉讼或仲裁等方式来解决纠纷。因此，在签订车位使用权转让协议时，务必谨慎对待每一个条款和细节。

如果你在签订车位使用权转让协议过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。