结论：开发商一开始说送车位，后来变成车位使用权转让协议是否合法不能一概而论，需要分情况讨论。
若开发商在销售过程中存在欺诈或误导行为：
- 如果开发商在销售房屋时，明确承诺赠送车位，且该承诺对购房者的购房决策产生了实质性影响，但后续却以车位使用权转让协议的形式要求购房者支付费用或接受其他条件，这种行为可能构成欺诈或误导。
- 在这种情况下，购房者有权要求开发商履行原承诺，即无偿赠送车位，或者要求开发商承担因欺诈或误导而造成的损失。购房者还可以向相关监管部门投诉，寻求行政救济。
若开发商在销售过程中已明确说明车位性质及后续安排：
- 如果开发商在销售房屋时，已经明确告知购房者，所谓的“送车位”实际上是指车位的使用权，而非所有权，并且后续的车位使用权转让协议也是基于双方自愿、平等、公平的原则签订的，那么这种行为通常是合法的。
- 在这种情况下，购房者应当仔细阅读车位使用权转让协议的内容，了解自己的权利和义务，确保协议内容符合自己的预期和需求。如果协议内容存在不明确或不合理之处，购房者有权要求开发商进行修改或解释。
若车位使用权转让协议存在违法条款：
- 即使开发商在销售过程中已经明确说明了车位的性质及后续安排，但如果车位使用权转让协议中存在违法条款，如违反法律法规的强制性规定、损害社会公共利益或他人合法权益等，那么该协议中的违法条款是无效的。
- 在这种情况下，购房者有权拒绝执行违法条款，并可以向相关监管部门举报开发商的违法行为。如果因违法条款导致购房者遭受损失，购房者还有权要求开发商承担赔偿责任。