结论前置：公司仅发放基本工资是否违法，需结合具体情况判断，主要包括劳动合同约定、工资构成、当地最低工资标准以及是否存在特殊情形等因素。
一、劳动合同约定情况
合同明确约定仅基本工资：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确约定了工资构成仅包括基本工资，且该基本工资不低于当地最低工资标准，那么公司仅发放基本工资可能是合法的。
- 例子：假设某员工与公司在劳动合同中约定，月工资为5000元，且这5000元全部为基本工资，无其他奖金、津贴等。若当地最低工资标准为3000元，则公司仅发放5000元基本工资是合法的。
合同约定其他工资组成部分但未支付：
- 如果合同或制度中约定了除基本工资外的其他工资组成部分（如绩效奖金、岗位津贴等），而公司未按照约定支付，则可能构成违约行为，甚至违法。
- 例子：若劳动合同中约定员工月工资由5000元基本工资和2000元绩效奖金组成，但公司仅发放了5000元基本工资，未发放绩效奖金，则公司行为可能构成违约。
二、工资构成与最低工资标准
基本工资不低于最低工资标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。因此，即使公司仅发放基本工资，也必须确保该工资不低于当地最低工资标准。
- 例子：若当地最低工资标准为3000元，公司发放的基本工资为2500元，则公司行为违法。
工资构成包含其他部分但未发放：
- 如果公司工资构成中包含基本工资和其他部分（如加班工资、津贴、补贴等），但公司仅发放了基本工资而未发放其他部分，且其他部分属于应得报酬，则公司行为可能构成违法。
三、特殊情形下的合法性考量
经营困难或不可抗力：
- 当企业面临严重经营困难或遭遇不可抗力时，可依据相关文件与员工协商调整薪酬、轮岗轮休或缩短工时。此时需通过民主程序制定方案，并优先保障员工基本权益。若公司仅发放基本工资且经过民主程序并与员工协商一致，则可能不违法。
- 例子：因疫情导致公司经营困难，公司通过民主程序制定方案并与员工协商一致，决定在疫情期间仅发放基本工资，待经营状况好转后再补发其他工资部分，则公司行为可能不违法。
试用期或特殊岗位：
- 试用期内工资不得低于本单位相同岗位最低档工资的80%或劳动合同约定工资的80%，且不得低于当地最低工资标准。对于销售等特殊岗位，若采用“低底薪+高提成”模式，需在合同中明确约定并符合行业惯例。若公司仅发放基本工资但符合上述规定，则可能不违法。
- 例子：某员工处于试用期，劳动合同约定试用期工资为4000元（为正式工资的80%），且不低于当地最低工资标准。若公司仅发放了4000元基本工资，则公司行为合法。
四、法律建议与行动指南
- 对于公司：建议公司在制定薪酬政策时明确工资构成及发放标准，并确保符合相关法律法规要求。若需调整薪酬政策，应通过民主程序并与员工协商一致。
- 对于员工：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于劳动报酬的部分，确保自己的权益得到充分保障。
- 如发现公司仅发放基本工资且存在违法情形（如低于最低工资标准、未支付应得报酬等），应与公司沟通协商要求解决问题；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身权益。
总结：公司仅发放基本工资是否违法需结合具体情况判断。为确保双方权益，建议公司在制定薪酬政策时明确工资构成及发放标准，并严格遵守相关法律法规；员工在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款并了解自身权益，在权益受损时及时采取措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。