结论：土地承包合同约定三年期限，但租金一年一交，这样的约定本身是合法的。不过，具体是否合法还需结合合同的其他条款以及实际情况来综合判断。

分析说明：

1. 合同期限与租金支付方式的独立性：

   • 土地承包合同的期限（三年）和租金的支付方式（一年一交）是两个相对独立的条款。合同期限决定了承包关系的存续时间，而租金支付方式则规定了承包人支付租金的具体方式和时间。
   • 只要这两个条款都是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么它们就是有效的。

2. 租金支付方式的合法性：

   • 一年一交租金的方式，并不违反法律对于租金支付方式的强制性规定。法律并未规定租金必须一次性支付或必须按某种特定方式支付，因此，双方可以根据实际情况和协商结果来确定租金的支付方式。

3. 合同整体合法性的判断：

   • 除了租金支付方式外，还需要考虑合同的其他条款是否合法。例如，合同是否明确了土地的具体位置、面积、用途、承包费用等关键信息；是否违反了土地管理法、农村土地承包法等相关法律法规的规定；是否存在欺诈、胁迫等导致合同无效的情形。
   • 如果合同的其他条款都合法有效，且双方对租金支付方式没有异议，那么这样的合同就是合法的。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在签订土地承包合同时，建议双方明确约定租金的支付方式、支付时间、支付金额等关键信息，以避免后续产生纠纷。
   • 如果承包人未能按时支付租金，发包人有权根据合同约定或法律规定要求承包人承担违约责任。

法律建议：

• 如果您是发包人，在签订合同时应仔细审查合同条款，确保租金支付方式等关键信息明确无误，并保留好相关证据以备不时之需。
• 如果您是承包人，应按时支付租金，并保留好支付租金的凭证，以避免因租金支付问题而产生纠纷。
• 如果双方在合同履行过程中产生纠纷，建议首先通过协商解决；协商不成的，可以寻求法律途径解决，如向人民法院提起诉讼或申请仲裁。

后续行动：

• 如果您对土地承包合同还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。