针对您提出的“民事案件公证物被法院没收后应如何处理”的问题，这确实是一个涉及法律执行与监督的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，当公证物在民事案件中被法院没收，这通常意味着该物品已被法院认定为与案件相关，且根据法律规定或判决结果，需要被收归国有或用于其他法定用途。这一过程中，法院的执行行为是受到严格法律监督的。
一、法院没收行为的法律依据与程序
法律依据：法院没收公证物的行为，通常基于《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定。这些法律条款明确了法院在执行过程中的权力与责任，以及没收财产的条件和程序。
执行程序：在没收过程中，法院会遵循严格的执行程序，包括发出执行通知书、进行财产调查、评估拍卖（如需）等步骤。这些程序旨在确保没收行为的合法性和公正性。
二、公证物被没收后的处理方式
收归国有：如果公证物被没收后，根据法律规定应收归国有，那么法院会将其移交给相应的国家机关或部门进行管理和处置。
用于赔偿或补偿：在某些情况下，被没收的公证物可能用于赔偿受害人的损失或补偿其他相关方的利益。这通常会在判决书中明确说明。
其他法定用途：根据案件的具体情况和法律的规定，被没收的公证物还可能被用于其他法定用途，如公益捐赠、科研用途等。
三、当事人的权利与救济途径
异议权：如果您认为法院没收公证物的行为存在错误或不当，您有权在法定期限内向法院提出异议。法院会依法对您的异议进行审查，并作出相应处理。
申请复议或申诉：如果您对法院的处理结果不满意，您还可以依法申请复议或向上一级法院申诉。这是您维护自身合法权益的重要途径。
法律监督：根据《关于民事执行活动法律监督若干问题的规定》，人民检察院依法对民事执行活动实施法律监督。如果您认为法院的执行行为存在违法或不当之处，您还可以向人民检察院申请法律监督。
四、建议与注意事项
及时咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，建议您及时咨询专业律师的意见。律师能够为您提供专业的法律建议和帮助，确保您的权益得到充分保障。
保留相关证据：在提出异议、申请复议或申诉时，您需要提供充分的证据来支持您的主张。因此，请务必保留好与案件相关的所有证据材料。
遵守法律程序：在处理此类问题时，请务必遵守法律程序和规定。不要采取过激或违法的行为来维护自己的权益，否则可能会承担相应的法律责任。
综上所述，民事案件公证物被法院没收后的处理方式取决于具体的法律规定和案件情况。如果您对此有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询专业律师或相关法律机构。