若原审主要证据的协议违反法律法规，该证据通常会被认定为无效，案件可能面临发回重审或依法改判，具体处理方式需结合案件实际情况判断。以下从不同角度展开分析：
- 证据效力层面
根据《民事诉讼法》及相关司法解释，违反法律、行政法规强制性规定的证据材料，不得作为认定案件事实的依据。若原审主要证据的协议存在以下情形，法院会直接排除其证明力：
- 协议内容违反法律、行政法规的效力性强制性规定（如赌博债务协议、非法集资协议）；
- 协议目的违法（如以合法形式掩盖非法目的的“阴阳合同”）；
- 协议主体不适格（如无民事行为能力人签订的协议）。
处理方式：二审法院可直接认定该证据无效，并依据其他合法证据重新审查案件事实。
- 程序救济层面
若当事人未在原审中提出证据违法性抗辩，二审中才发现该问题，可依据《民事诉讼法》第177条申请再审或通过二审程序主张：
- 申请再审：以“原审认定事实的主要证据是伪造的或违反法律规定”为由，向法院申请启动再审程序；
- 二审程序主张：在二审中提出新证据（如证明协议违法的行政处罚决定书、刑事判决书等），请求二审法院改判或发回重审。
处理方式：法院需审查证据违法性是否属于“新证据”或“原审未查明的事实”，进而决定是否启动救济程序。
- 实体责任层面
若协议违法导致合同无效，法院会依据《民法典》第157条处理后续问题：
- 返还财产：当事人需返还因协议取得的财产；
- 折价补偿：无法返还的，按市场价值折价补偿；
- 过错赔偿：有过错的一方需赔偿对方因此遭受的损失。
处理方式：法院可能中止原诉讼，告知当事人另行起诉解决合同无效后的责任分担问题，或直接在原案中一并处理。
- 特殊情形处理
- 部分违法条款：若协议部分条款违法但不影响整体效力，法院可能仅认定违法条款无效，其余条款继续有效；
- 公序良俗违反：若协议违反公序良俗（如代孕协议、忠诚协议），法院会直接认定其无效，且不适用返还或补偿规则。
建议：若您遇到此类问题，需立即整理协议文本、违法性证明材料（如行政处罚决定、刑事判决等），并梳理案件事实脉络。不同案件中证据违法性的认定标准存在差异，建议直接向我提供具体案情，以便进一步分析。