当发现公司章被人偷偷盖了章，这是一个涉及公司权益和法律责任的严重问题，需要公司及时、妥善地处理。以下是一些详细的步骤和建议，希望能帮助您应对这一情况：
一、立即确认情况并收集证据
确认盖章事实：首先，要确认公章确实被未经授权的人使用，并尽可能了解盖章的具体时间、地点、用途以及涉及的文件或合同。
收集证据：收集所有与盖章事件相关的证据，包括但不限于监控录像、目击者证言、文件复印件等。这些证据将有助于后续的法律程序和内部调查。
二、内部处理与调查
启动内部调查：公司应立即成立内部调查小组，对盖章事件进行全面调查。调查应涵盖公章的管理、使用、保管等各个环节，以确定责任人和漏洞所在。
评估损失：评估盖章事件可能给公司带来的损失，包括经济损失、声誉损失等。这将有助于公司制定后续的应对策略。
加强公章管理：根据调查结果，公司应加强公章的管理制度，如实行专人保管、使用登记、审批流程等，以防止类似事件再次发生。
三、法律应对
报案：如果确认公章被盗用或伪造，公司应立即向公安机关报案，并提供相关证据。公安机关将展开调查，并可能追究相关人员的刑事责任。
声明作废：在报案的同时，公司应在公开媒体上刊登公章遗失或被盗用的声明，以告知公众并防止不法分子利用公章进行非法活动。
法律诉讼：如果盖章事件导致公司遭受损失，公司可以考虑通过法律途径追究相关人员的民事责任。这可能需要聘请律师，准备诉讼材料，并参与法庭审理。
四、后续防范与改进
完善内部治理：公司应借此机会完善内部治理结构，加强内部控制和风险管理。这包括建立健全的公章管理制度、加强员工法律意识培训、定期进行内部审计等。
加强与外部机构的合作：公司可以与银行、工商等外部机构建立更紧密的合作关系，以便在发现异常情况时能够及时沟通并采取措施。
持续监控与评估：公司应持续监控公章的使用情况，并定期评估公章管理制度的有效性。这有助于及时发现并纠正潜在的问题，确保公司的正常运营和合法权益。
五、具体案例参考
以北京某科技股份公司为例，当公司发现董事金先生私自扣留公司证照（包括公章）时，公司管理层多次协商无果后选择了诉讼途径。最终，法院判决金先生返还公司证照，恢复了公司的正常运营。这个案例表明，当公司公章“失控”时，通过法律途径解决是一种有效的方式。
总之，当发现公司章被人偷偷盖了章时，公司应立即采取行动，确认情况、收集证据、启动内部调查、加强法律应对，并持续防范与改进。这样才能最大程度地保护公司的权益和利益。