针对安全总监擅自离岗这一问题，核心处理方式需结合公司规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规进行综合判断，具体处理步骤及法律分析如下：

一、立即核实事实，固定证据

1. 确认离岗事实：需通过考勤记录、监控录像、同事证言等证据，明确安全总监离岗的具体时间、时长及是否履行请假手续。
   
2. 核查制度依据：检查公司《员工手册》《安全管理制度》或劳动合同中是否明确规定“擅自离岗”的定义、处理流程及后果（如扣薪、解除合同等）。
   法律依据：根据《劳动合同法》第4条，用人单位的规章制度需经民主程序制定并公示，否则可能无法作为处理依据。

二、分情况处理，确保程序合法

情况1：离岗情节轻微（如短时间离岗未造成损失）

1. 内部警告与整改：可先通过书面警告、要求提交书面说明等方式，督促其改正并承诺遵守制度。
   
2. 扣减绩效或奖金：若制度明确规定，可按比例扣减当月绩效或奖金，但需避免超过法定限额（如《工资支付暂行规定》第16条规定的损失赔偿比例）。

情况2：离岗情节严重（如长时间离岗、导致安全事故或重大损失）

1. 解除劳动合同：若符合《劳动合同法》第39条“严重违反用人单位规章制度”或“严重失职造成重大损害”的情形，公司可单方解除合同且无需支付经济补偿。
   关键点：需证明离岗行为与损害结果之间的因果关系，并保留书面通知、会议纪要等证据。
   
2. 追究赔偿责任：若离岗导致公司损失（如设备损坏、罚款等），可依据《民法典》第1165条要求其赔偿，但需举证损失金额及过错程度。

三、程序合规性注意事项

1. 通知工会：根据《劳动合同法》第43条，解除合同前需通知工会并听取意见（未建立工会的需通过其他民主方式）。
   
2. 送达解除通知：必须以书面形式送达安全总监，并注明解除理由、依据及生效时间，避免口头通知引发争议。
   
3. 办理离职手续：要求其返还公司财物、交接工作，并出具离职证明。

四、风险防范建议

1. 完善制度：在规章制度中明确“擅自离岗”的具体情形（如离岗超2小时视为严重违纪）及处理流程，并经职工代表大会或全体职工讨论通过。
   
2. 培训与签字：定期组织制度培训，要求员工签字确认知晓内容，避免以“不知情”抗辩。
   
3. 日常管理：通过考勤系统、巡查记录等方式加强过程管理，及时发现并纠正违规行为。

总结：处理安全总监擅自离岗需以事实为依据、制度为支撑、法律为准绳，既要维护公司管理权威，也要避免程序违法引发仲裁或诉讼风险。若涉及复杂情形（如高管特殊身份、损失难以界定等），建议进一步提供细节后针对性分析。