若申请执行后发现被执行人已经履行完毕，可按以下步骤处理：

1. 立即联系执行法院
   向承办案件的执行法官或书记员说明情况，提交被执行人已履行完毕的证据（如转账记录、收条、和解协议等）。法院将依法裁定终结执行程序，并解除对被执行人财产的查封、扣押、冻结等强制措施。
   法律依据：《民事诉讼法》第2六十四条，执行完毕后，法院应制作终结执行裁定书并送达当事人。

2. 申请退还已预交的执行费用
   若申请执行时预交了执行费（如申请费、实际支出费用），可凭执行完毕的证明材料向法院申请退还。法院审核后，会将多余费用退还至申请人账户。
   注意：若执行中因被执行人迟延履行产生加倍利息或罚款，需确认是否已一并结清。

3. 核查执行信息公开记录
   通过“中国执行信息公开网”查询案件状态，确认执行程序已终结。若发现案件仍显示“执行中”，需及时要求法院更新信息，避免影响个人或企业信用。

4. 特殊情形处理

   • 部分履行后达成和解：若双方曾签订和解协议，被执行人按协议履行完毕的，需确认和解协议是否已替代原生效法律文书。若未替代，可申请法院出具执行完毕证明。
     
   • 错误执行或超额执行：若法院执行措施超出判决范围（如查封非涉案财产），可依据《民事诉讼法》第2三十二条提出执行异议，要求撤销错误执行行为并赔偿损失。

风险提示：若未及时办理执行终结手续，可能导致：

• 被执行人财产被长期查封，影响其正常经营或生活；
  
• 申请人被误认为“未执行到位”，影响信用评价；
  
• 后续产生不必要的执行争议（如被执行人主张已履行，但申请人否认）。

建议行动：

1. 整理被执行人履行证据（如银行流水、微信转账记录、书面确认函等）；
   
2. 携带证据原件及复印件，前往执行法院提交《终结执行申请书》；
   
3. 跟进法院审核进度，确保案件状态及时更新。
   

如有具体证据材料或执行细节需进一步分析，可直接向我提供详情，我将结合案件类型（如民事、商事、行政）给出针对性建议。