保险公司无权直接扣除医药费作为修车费，这涉及两个不同性质的赔偿项目，需分情况讨论其合法性及处理方式：

1. 若事故涉及第三方责任（如交通事故）

• 医药费与修车费的性质：医药费属于人身损害赔偿，修车费属于财产损失赔偿，二者法律关系独立。根据《民法典》第1179条，侵权人需分别赔偿医疗费、护理费等人身损害费用，以及车辆维修等财产损失费用。
• 保险公司的角色：若侵权人投保了交强险或商业三者险，保险公司应在保险限额内分别赔付人身损害和财产损失。保险公司无权将医药费抵扣修车费，否则可能构成对被保险人权益的侵害。
• 例外情形：若被保险人与保险公司通过特别约定（如“责任免除条款”）允许抵扣，需以书面合同为准，但此类条款可能因违反公平原则被认定无效。

2. 若事故为单方责任（如自己驾车撞到障碍物）

• 车损险与座位险的区分：修车费由车损险赔付，医药费需通过车上人员责任险（座位险）或意外险赔付。两种险种独立理赔，保险公司不得以修车费未赔付为由拒赔医药费，反之亦然。
• 代位求偿权的限制：即使保险公司赔付修车费后取得代位求偿权（向第三方追偿），其追偿范围也仅限于财产损失，与医药费无关。

3. 实务中的常见误区与建议

• 混淆赔偿项目：部分保险公司可能以“总额控制”为由要求抵扣，但法律明确区分人身与财产赔偿，此做法缺乏依据。
• 应对措施：
  1. 保留证据：保存医疗发票、维修清单、保险合同等材料；
  2. 书面投诉：向保险公司总部或银保监会投诉违规操作；
  3. 法律途径：若协商无果，可起诉保险公司要求按项目分别赔付。

总结：保险公司无权单方面将医药费抵扣修车费，二者赔偿项目、法律关系均独立。若遇此类情况，建议先与保险公司沟通，明确拒绝不合理要求，必要时通过法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。