以棚户区改造为由对集体土地上房屋进行征收，其合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
合法情形
符合法定程序与条件：
- 如果棚户区改造项目确实符合公共利益的需要，且已经按照《土地管理法》及相关法规的规定，完成了土地征收的审批程序，包括发布征收土地预公告、开展土地现状调查、组织社会稳定风险评估、拟定征地补偿安置方案并公告、办理征地补偿登记、签订征地补偿安置协议等步骤，那么以棚户区改造为由对集体土地上房屋进行征收是合法的。
- 例如，某地区因棚户区房屋老旧、存在安全隐患，且改造项目已经纳入当地政府的发展规划，同时按照法定程序完成了土地征收的各项手续，那么这种征收行为就是合法的。
补偿安置合理：
- 在征收过程中，如果政府能够提供合理的补偿安置方案，确保被征收人的合法权益得到保障，那么征收行为也是合法的。补偿安置方案应包括房屋补偿、搬迁补助、临时安置补助等费用，且补偿标准应不低于当地类似房地产的市场价格。
非法情形
未履行法定程序：
- 如果政府未按照法定程序进行土地征收，如未发布征收土地预公告、未开展土地现状调查、未组织社会稳定风险评估等，那么以棚户区改造为由对集体土地上房屋进行征收就是非法的。
- 例如，某地区政府未经任何程序，直接以棚户区改造为由强制拆除集体土地上的房屋，这种行为就是违法的。
补偿安置不合理：
- 如果政府提供的补偿安置方案不合理，如补偿标准过低、未提供搬迁补助或临时安置补助等，导致被征收人的合法权益受到损害，那么征收行为也是非法的。
- 例如，某地区政府在棚户区改造项目中，提供的房屋补偿价格远低于市场价格，且未提供搬迁补助和临时安置补助，这种补偿安置方案就是不合理的，征收行为也是非法的。
以棚户区改造为名行商业开发之实：
- 如果政府以棚户区改造为名，实际上是为了进行商业开发，且未按照法定程序进行土地征收和补偿安置，那么这种征收行为也是非法的。
- 例如，某地区政府将棚户区改造项目与商业开发项目捆绑在一起，以棚户区改造为由征收集体土地上的房屋，但实际上是为了进行商业开发，这种行为就是违法的。
法律建议
- 了解征收程序：在面临征收时，被征收人应了解土地征收的法定程序，确保政府按照法定程序进行征收。
- 审查补偿安置方案：被征收人应仔细审查政府提供的补偿安置方案，确保补偿标准合理、补偿项目齐全。
- 寻求法律援助：如果被征收人认为征收行为违法或补偿安置方案不合理，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
如果您在面临以棚户区改造为由的集体土地上房屋征收问题时，有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和帮助。