村委会通过协议将村民商铺收归村集体是否合法，需分情况讨论，关键在于协议签订的程序、内容是否符合法律规定以及是否存在法定事由。具体分析如下：

1. 若协议签订程序合法、内容合规且存在法定事由，则可能合法
   根据《中华人民共和国民法典》第二百六十一条规定，集体所有的不动产和动产，属于本集体成员集体所有。若村民商铺的土地使用权或所有权本身属于村集体（如商铺建在集体建设用地上），且村委会通过合法程序（如村民会议或村民代表会议表决通过）与村民签订协议，明确约定因公共利益需要（如村庄规划、基础设施建设等）收回商铺，并给予合理补偿，则该行为可能具有合法性。
   关键点：

   • 商铺产权归属：需确认商铺的土地使用权或所有权是否属于村集体；
     
   • 程序合法性：协议签订需经法定程序（如村民会议三分之二以上成员或村民代表会议三分之二以上代表同意）；
     
   • 补偿合理性：需对村民的损失给予公平补偿（如市场价值评估、替代性安置等）。

2. 若协议存在程序瑕疵、内容违法或无合法事由，则可能违法

   • 程序违法：若村委会未通过法定程序（如未召开村民会议或未达到表决比例）单方面签订协议，或强迫村民签订，则协议可能因违反《村民委员会组织法》第二十四条、第二十八条等规定而无效。
     
   • 内容违法：若协议约定内容侵犯村民合法权益（如未补偿、补偿明显低于市场价值），或违反法律强制性规定（如以“公共利益”为名行商业开发之实），则协议可能被撤销或确认无效。
     
   • 无合法事由：若村委会无法提供合法依据（如规划许可、征收决定等）证明收回商铺的必要性，则可能构成对村民财产权的侵犯。

建议：

• 若您是村民，可要求村委会出示相关批准文件、会议记录及补偿方案，核实程序合法性；
  
• 若协议存在争议，可向乡镇政府或县级农业农村部门申请行政监督，或通过诉讼确认协议效力；
  
• 若涉及征收，需确认是否符合《土地管理法》第四十五条规定的公共利益范围及征收程序。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。