孤儿院中未满12周岁的未成年人犯罪，不承担刑事责任，但会由政府进行收容教养或采取其他教育矫治措施。以下是详细分析：

1. 刑事责任年龄的规定：

   • 根据我国《刑法》第十七条的规定，已满十六周岁的人犯罪，应当负刑事责任。
   • 已满十四周岁不满十六周岁的人，犯特定严重犯罪（如故意杀人、故意伤害致人重伤或死亡、抢劫、贩卖毒品、放火、爆炸、投放危险物质罪）的，应当负刑事责任。
   • 不满十二周岁的未成年人，无论实施何种危害社会的行为，都不负刑事责任。这是基于未成年人身心发育不成熟、认知和控制能力有限的考虑，体现了对未成年人的保护和宽容。

2. 孤儿院中未满12周岁犯罪的处理方式：

   • 不追究刑事责任：由于未满12周岁的未成年人不负刑事责任，因此孤儿院中的未成年人即使实施了犯罪行为，也不会被追究刑事责任。
   • 政府收容教养：对于不满十六周岁不予刑事处罚的未成年人，如果需要政府收容教养，可以由政府决定收容教养。收容教养的目的在于通过专门的教育和矫治措施，帮助未成年人改正错误、重新融入社会。
   • 其他教育矫治措施：除了收容教养外，还可以根据未成年人的具体情况，采取其他教育矫治措施，如送工读学校进行矫治和接受教育、责令其家长或者监护人加以管教等。

3. 孤儿院的责任与义务：

   • 加强教育与管理：孤儿院作为未成年人的监护机构，应当加强对未成年人的教育和管理，预防未成年人实施违法犯罪行为。
   • 及时报告与协助：如果发现未成年人有违法犯罪行为或倾向，孤儿院应当及时向公安机关报告，并协助公安机关进行调查和处理。
   • 配合矫治措施：在政府决定对未成年人采取收容教养或其他教育矫治措施时，孤儿院应当积极配合，提供必要的协助和支持。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果未成年人实施的行为虽然不构成犯罪，但违反了治安管理处罚法：公安机关可以依照治安管理处罚法的规定对未成年人进行处罚，如警告、罚款、行政拘留（但行政拘留不适用于不满16周岁的未成年人）等。不过，在实际操作中，对于未满12周岁的未成年人，公安机关通常会以教育为主，不会给予严厉的处罚。
   • 如果未成年人的行为造成了他人损害：根据《民法典》的规定，无民事行为能力人、限制民事行为能力人造成他人损害的，由监护人承担侵权责任。因此，孤儿院作为未成年人的监护机构，可能需要承担相应的民事赔偿责任。

温馨提示：孤儿院中的未成年人需要更多的关爱和引导。如果您有关于未成年人保护、孤儿院管理等方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。