一个底商拥有两个营业执照是否合法，需分情况讨论：

1. 同一经营主体，不同经营项目：

   • 若底商内的同一经营主体（如同一公司或个体工商户）因经营需要，需在不同业务领域或项目上分别申请营业执照（例如，一家公司既经营餐饮又经营零售，且两者在法律上需独立许可），则合法。
   • 法律依据：根据《公司法》及《市场主体登记管理条例》，经营主体可依法申请多个营业执照，但需满足“一照一址”原则（即每个营业执照需对应独立的经营场所，或经批准的“一址多照”情形）。若底商空间可物理分割（如分设独立门店），或当地政策允许“一址多照”（如集中办公区），则可能合法。

2. 不同经营主体，共用同一地址：

   • 若底商内存在两个独立的经营主体（如两家不同公司或个体工商户），且均以该地址注册营业执照，则需满足“一址多照”条件。
   • 合法条件：
     • 当地市场监管部门允许“一址多照”（如部分地区对创业园区、孵化器等场所放宽限制）；
     • 两个主体需签订地址使用协议，明确权责；
     • 经营项目不冲突（如不得同时经营需独立许可的餐饮和化工品）。
   • 违法风险：若未经批准共用地址，或经营项目存在安全隐患（如易燃易爆品与食品混营），可能被认定为“虚假注册”或“擅自改变经营场所”，面临罚款、吊销执照等处罚。

3. 特殊情形：分支机构与总公司：

   • 若底商内为总公司与其分支机构（如分公司），则合法。分支机构可依法申请独立营业执照，但需标注“分公司”字样，且民事责任由总公司承担。

法律建议：

• 核实当地政策：不同地区对“一址多照”的审批标准不同，建议向当地市场监管部门咨询具体要求。
• 审查租赁合同：若为共用地址，需确保租赁合同允许转租或分租，避免因产权纠纷导致执照无效。
• 避免“空壳公司”：若申请多个执照但未实际经营，可能被认定为“滥用公司法人独立地位”，需承担连带责任。

示例：

• 合法情形：A公司（餐饮）与B公司（零售）在底商内分设独立门店，均以该地址注册，且符合“一址多照”条件。
• 违法情形：C个体工商户未分割底商空间，擅自以同一地址注册D个体工商户（经营项目与C无关），且未获市场监管部门批准。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供法律意见。