结论：男方父母出房子首付款后，是可以补签借给子女的协议的，但需要注意协议的内容、签订时间以及证据留存等方面的问题，以确保协议的法律效力。

分析说明：

1. 协议的法律效力：

   • 男方父母与子女之间补签借款协议，本质上是一种民事法律行为，只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，该协议即具有法律效力。
   • 协议中应明确借款金额、借款用途（即用于支付房子首付款）、还款期限、利息（如有）等关键条款，以确保协议的明确性和可执行性。

2. 签订时间的问题：

   • 虽然协议是在首付款支付后补签的，但这并不影响其法律效力。关键在于双方是否在签订协议时达成了真实的意思表示，并且协议内容不违反法律规定。
   • 为了增强协议的说服力，可以在协议中注明“本协议系对之前男方父母为子女支付房子首付款行为的确认和补充，双方对此均无异议”，以明确协议的背景和目的。

3. 证据留存的重要性：

   • 在补签协议时，应尽可能留存与首付款支付相关的证据，如银行转账记录、收据等，以证明男方父母确实支付了首付款，并且该款项与协议中的借款金额相符。
   • 这些证据在将来可能发生的纠纷中，将起到至关重要的作用，有助于证明协议的实际履行情况和双方的权利义务关系。

4. 潜在的法律风险：

   • 如果协议内容存在模糊不清或容易引起歧义的地方，可能会导致双方在执行协议时产生争议。因此，在签订协议前，应仔细审查协议条款，确保其明确无误。
   • 另外，如果男方父母与子女之间存在其他经济往来或纠纷，可能会影响对协议性质的认定。例如，如果双方之前存在大量的无偿赠与行为，那么在补签借款协议时，可能会面临被认定为赠与而非借款的风险。

行动建议：

• 在补签借款协议前，建议男方父母与子女进行充分的沟通，明确双方的意思表示和期望达成的法律效果。
• 协议内容应尽可能详细、明确，避免使用模糊或容易引起歧义的表述。
• 签订协议时，应留存与首付款支付相关的证据，以备将来可能发生的纠纷之需。
• 如果对协议的法律效力或条款存在疑问，建议咨询专业律师进行审查和指导。

后续思考依据：

• 在实际操作中，补签借款协议的情况并不罕见。关键在于如何确保协议的法律效力和可执行性，以及如何避免潜在的法律风险。
• 通过留存证据和明确协议条款，可以在很大程度上降低纠纷发生的可能性，并保障双方的合法权益。
• 如果在执行协议过程中遇到任何问题或争议，应及时寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。