当农民的土地被侵占时，可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

1. 优先协商解决：

   • 做法：首先，建议被侵占人直接与侵占者进行沟通协商，明确表达自身权益和立场，要求对方停止侵占行为并返还土地。
   • 理由：通过友好协商达成双方都能接受的解决方案，这是最直接、简便且高效的方式，有助于节省时间和精力，同时保持邻里关系的和谐。

2. 申请基层调解：

   • 村民委员会或村集体经济组织调解：
     • 做法：若协商无果，被侵占人可以向当地的村民委员会或村集体经济组织寻求帮助。村委会有责任和义务调解村民之间的纠纷，包括土地侵权问题。他们会派专人进行调查，并尝试促成双方和解。
     • 法律依据：根据《村民委员会组织法》的相关规定，村民委员会应当调解民间纠纷，维护村民的合法权益。
   • 乡镇政府调解：
     • 做法：被侵占人也可以向乡镇政府提出申请，政府会依据相关法律法规和政策对纠纷进行调查和调解，提出合理的解决方案。
     • 法律依据：根据《土地管理法》的相关规定，乡镇人民政府也有权对农村土地纠纷进行调解处理。

3. 向自然资源主管部门反映：

   • 做法：如果基层调解仍然无法解决问题，被侵占人可以向县级以上人民政府自然资源主管部门反映情况。这些部门负责本行政区域内土地的管理和监督工作，对于土地的侵权行为有权力也有责任进行调查和处理。被侵占人需要提供详细的证据和材料，以便主管部门能够准确了解问题的来龙去脉，并对土地的权属进行调查核实。若存在违法行为，自然资源主管部门将依法作出处理决定，如要求侵占者退还非法占用的土地、拆除违法建筑等。
   • 法律依据：根据《土地管理法》的相关规定，县级以上人民政府自然资源主管部门负责土地的管理和监督工作，有权对违法行为进行查处。

4. 向人民法院提起诉讼：

   • 做法：如果通过上述途径都无法有效解决纠纷，被侵占人可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，被侵占人需要提供充分的证据证明自己的权益受到了侵害，包括土地承包经营权证、土地使用权证、现场照片等相关证据。法院会依据事实和法律进行审理，并作出公正的判决，确保被侵占人的合法权益得到维护。
   • 法律依据：根据《民事诉讼法》的相关规定，公民、法人和其他组织认为自己的合法权益受到侵害时，有权向人民法院提起诉讼。

5. 向公安机关报案（若涉嫌犯罪）：

   • 做法：若发现侵占行为涉嫌犯罪，如盗窃罪、侵占罪或非法占用农用地罪等，被侵占人可直接向当地公安机关报案。公安机关将依法进行调查和处理，追究侵占者的刑事责任。
   • 法律依据：根据《刑法》的相关规定，对于涉嫌犯罪的行为，公安机关有权进行立案侦查，并依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

在处理土地被侵占的问题时，被侵占人还应注意以下几点：

• 保持冷静和理性：避免采取过激行为，以免激化矛盾或导致自身权益受损。
• 收集和保留相关证据：如土地承包经营权证、土地使用权证、现场照片、视频等，以便在需要时能够提供有力的支持。
• 及时寻求帮助：不要拖延时间，以免错过最佳的解决时机。

总结与建议：面对土地被侵占的问题，被侵占人应优先通过协商和基层调解来解决纠纷。若无法解决，则及时向自然资源主管部门反映情况或向人民法院提起诉讼。同时，务必注意收集和保留相关证据，并保持冷静和理性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。