中国企业被贪污的财物上交中央财政，而非直接返还给企业，这一做法是合法且合情理的，主要基于以下几个方面的考虑：
法律框架与程序要求：
- 根据我国相关法律规定，贪污犯罪所得属于国家财产，其追缴、没收和上缴国库是法律明确规定的程序。这一程序确保了国家财产的合法性和安全性，防止了贪污犯罪所得的非法流转和再次被滥用。
- 企业作为被害方，虽然有权要求赔偿，但赔偿的途径和方式需遵循法律程序。在贪污犯罪案件中，企业通常需要通过刑事附带民事诉讼或单独提起民事诉讼来主张自己的权益，而非直接接收被追缴的财物。
国家财政与公共利益：
- 贪污犯罪所得上交中央财政，有助于维护国家财政的稳定和公共利益。这些财物可能涉及大量资金或资产，直接返还给企业可能导致国家财政的损失，进而影响公共服务的提供和社会福利的分配。
- 通过上交中央财政，国家可以更有效地利用这些资源，用于公共建设、社会保障、教育医疗等领域，从而造福更广泛的社会群体。
防止二次腐败与公平性：
- 直接将贪污犯罪所得返还给企业可能引发新的腐败风险。例如，企业可能利用这些财物进行不正当的商业活动或利益输送，从而损害市场公平竞争的环境。
- 上交中央财政可以确保这些财物的处理过程公开透明，接受社会监督，从而维护公平正义和法治原则。
企业权益的保障途径：
- 虽然企业不能直接接收被追缴的财物，但并不意味着其权益无法得到保障。企业可以通过法律途径主张自己的损失，要求犯罪嫌疑人或被告人进行赔偿。
- 在刑事诉讼过程中，企业可以积极参与，提供证据和线索，协助司法机关追缴犯罪所得。同时，企业也可以依法申请刑事附带民事诉讼或单独提起民事诉讼，要求犯罪嫌疑人或被告人赔偿其经济损失。
从实际操作的角度来看，企业被贪污的财物上交中央财政后，国家会根据相关法律法规和政策规定，对企业的损失进行评估和补偿。这种补偿可能通过财政拨款、税收优惠、政策扶持等方式实现，以确保企业的合法权益得到充分保障。
若企业对此有疑问或认为自身权益未得到充分保障，建议企业及时咨询专业律师，了解相关法律法规和政策规定，通过合法途径维护自己的权益。同时，企业也应加强内部管理，完善监督机制，防止类似贪污犯罪的发生。