公章在法人被判刑且被扣押的情况下，可通过以下途径申请发还：

1. 联系扣押机关申请发还
   公章作为公司财产，若被公安机关、检察院或法院扣押，通常需通过正式程序申请返还。可由公司现任合法代表（如新任法定代表人、股东会授权人员）向扣押机关提交书面申请，说明公章的归属、扣押必要性已消失（如案件终结、法人服刑无保管必要），并附上公司营业执照、法定代表人身份证明、扣押清单等材料。若扣押机关认为符合条件，会依法解除扣押并返还。

2. 通过刑事案件程序主张权利
   若公章扣押与刑事案件直接相关（如作为证据使用），需等待案件进入审理或执行阶段。在案件终结后（如判决生效、执行完毕），可向办案机关提出返还申请。若公章被认定为与案件无关的物品，办案机关应立即返还；若被认定为涉案财物但需返还公司，需提供公司合法存续的证明（如工商登记信息）及权属证明。

3. 公司内部决议明确保管人
   若法人被判刑导致公司管理权真空，需通过股东会或董事会决议重新指定公章保管人，并出具书面授权文件。新保管人可持决议、授权书及公司证件向扣押机关申请发还。若公司因法人入狱陷入僵局，可依据《公司法》申请法院指定临时管理人，由临时管理人处理公章返还事宜。

4. 特殊情形下的处理

   • 公章被非法扣押：若扣押行为缺乏法律依据（如个人私自扣押），可向公安机关报案或直接向法院提起返还原物之诉，要求扣押人返还公章并赔偿损失。
     
   • 公司注销或吊销：若公司已注销或被吊销营业执照，公章需依法销毁，此时无需发还，但需向工商部门办理注销手续并公告。
     

行动建议：

• 优先联系扣押机关了解扣押原因及返还条件，准备完整材料；
  
• 若公司管理权争议，尽快通过内部决议或法院程序明确合法代表；
  
• 保留所有申请、沟通记录，以备后续维权使用。
  

如有进一步细节（如扣押机关、公司现状等），可补充说明后继续咨询。