在被告被羁押的情况下，案件的管辖法院确定需根据案件类型及具体法律规定来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、刑事案件管辖权
一般原则：
- 对被羁押的犯罪嫌疑人提起公诉，通常由犯罪地的人民法院管辖。犯罪地包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。这一原则基于犯罪地司法机关对案件事实、证据收集及当地社会治安的熟悉程度，便于侦查、起诉和审判工作的开展。
特殊情况：
- 若被告人居住地的人民法院审判更为适宜，例如被告人流窜作案、主要犯罪地难以确定，或被告人在居住地民愤极大等情形，可由被告人居住地的人民法院管辖。
- 对于特殊案件，如在中国领域外的中国船舶或航空器内的犯罪，由船舶最初停泊的中国口岸所在地或航空器在中国最初降落地的人民法院管辖。
二、民事案件管辖权
一般管辖：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，对被羁押的人提起民事诉讼，通常由原告住所地人民法院管辖；原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖。这一规定考虑了被羁押人行动受限的情况，便于原告行使诉讼权利，减少诉讼成本和不便。
特殊情形：
- 双方都被监禁：若双方当事人都被监禁或被采取强制性教育措施，则由被告原住所地人民法院管辖。若被告被监禁或被采取强制性教育措施已超过一年，则由被告被监禁地或被采取强制性教育措施地的人民法院管辖。
- 合同纠纷：若涉及合同纠纷，且合同中约定了管辖法院且不违反法律规定，则按约定确定管辖法院；若无约定，由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
- 专属管辖：对于涉及不动产纠纷、港口作业中发生的纠纷以及继承遗产纠纷等专属管辖情形，应按照专属管辖规定确定管辖法院。这些专属管辖具有强制性和排他性，不适用关于对被羁押人员诉讼由原告住所地管辖的一般规则。
实践中的考虑：
- 在确定民事案件管辖权时，还需考虑便于诉讼程序的进行和保障当事人权益的因素。若原告住所地或经常居住地与案件联系更紧密，或其他法院管辖更有利于查清案件事实、保护当事人权益，可根据实际情况确定管辖法院。
三、行政案件管辖权
对被羁押的人提起行政诉讼，一般由被告所在地或原告所在地人民法院管辖。其中，“原告所在地”包括原告的户籍所在地、经常居住地和被限制人身自由地。这一规定旨在保障公民在被限制人身自由的情况下，仍能有效通过行政诉讼维护自己的合法权益。
示例分析
- 情况一：甲在北京居住，乙在上海居住，乙因犯罪被羁押在广州某监狱。此时，甲若对乙提起民事诉讼（非合同纠纷且无专属管辖情形），应由原告甲的住所地（北京）的法院管辖。若甲离开北京在天津连续居住满一年以上，则由天津（经常居住地）的法院管辖。
- 情况二：甲和乙原来都居住在上海，后两人都因犯罪被羁押，甲被羁押在广州某监狱，乙被羁押在深圳某监狱，且羁押时间均未超过一年。此时，若甲起诉乙（非合同纠纷且无专属管辖情形），应由乙原住所地（上海）的法院管辖。若乙已经被羁押超过一年，则由乙被羁押地（深圳）的法院管辖。
- 情况三：若甲对乙提起的是行政诉讼，且甲被限制人身自由在广州某监狱，则甲可以选择向乙所在地（如上海，若乙未被羁押或羁押地不在上海）或甲被限制人身自由地（广州）的人民法院提起诉讼。
总结：被告被羁押的案件管辖法院确定需综合考虑案件类型、具体法律规定及实际情况。在实际操作中，若遇到复杂情况，建议直接向我咨询，以确保诉讼活动的顺利进行和当事人合法权益的有效保护。