违反《中华人民共和国反恐怖主义法》第八十六条的处理方式需根据具体违法情形及后果确定，主要包括行政处罚与刑事责任两种类型。以下结合法条内容及实务经验，分情况详细说明：

一、行政处罚：针对一般违法行为

根据《反恐怖主义法》第八十六条，若单位或个人存在“未依照规定对危险物品作出电子追踪标识、对危险物品的容器和运输工具未设置实时监控装置，或者未对危险物品的存放场所设置安全防范设施”等行为，且未造成严重后果或未构成犯罪的，由主管部门（如公安机关、交通运输部门等）责令改正；拒不改正的，处十万元以下罚款，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员处一万元以下罚款。

实务要点：

1. “拒不改正”的认定：需以主管部门书面责令整改后，单位或个人仍不采取有效措施为前提。
   
2. 罚款幅度：行政机关会根据违法情节（如危险物品类型、数量、潜在危害性等）在法定幅度内裁量。
   
3. 程序要求：处罚前需履行告知、听证等程序，当事人有权陈述申辩或申请行政复议/诉讼。

二、刑事责任：针对严重违法行为

若违反第八十六条的行为同时触犯《刑法》（如涉及危险物品管理失职导致重大事故、恐怖活动等），则可能构成犯罪，需依法追究刑事责任。例如：

1. 危险物品肇事罪（《刑法》第一百三十六条）：若因未设置安全防范设施导致爆炸、泄漏等事故，造成严重后果的，处三年以下有期徒刑或拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
   
2. 帮助恐怖活动罪（《刑法》第一百二十条之一）：若明知他人利用危险物品实施恐怖活动仍提供协助的，处五年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，处五年以上有期徒刑，并处罚金或没收财产。

实务要点：

1. “严重后果”的认定：通常指人员伤亡、重大财产损失或社会影响恶劣等情形。
   
2. 主观故意与过失的区分：刑事责任需以故意或重大过失为前提，行政处罚则可能涵盖一般过失行为。
   
3. 证据要求：刑事案件需形成完整的证据链，证明行为与危害结果之间的因果关系。

三、合规建议：避免法律风险

1. 完善内部管理制度：对危险物品的采购、储存、运输等环节建立电子追踪、实时监控及安全防范机制。
   
2. 定期自查与整改：主动配合主管部门检查，对发现的问题及时整改并留存记录。
   
3. 员工培训与应急预案：组织相关人员学习反恐法规，制定突发事件应急预案并演练。
   

提示：若您或您的单位涉及此类问题，建议立即停止违法行为，评估法律风险，并咨询专业律师制定应对方案。具体处理需结合案件细节（如行为性质、后果、主观意图等），如有疑问可直接向我提问。