逾期费用超过本金的贷款是否合法，取决于多个因素，主要包括逾期费用的具体数额是否超过了法律规定的上限以及合同约定的合理性。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定与逾期费用上限
根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，出借人与借款人之间约定的利率及逾期费用等应受到法律限制。具体来说，双方约定的利率及逾期费用等总和不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。这一规定同样适用于银行贷款及网贷等借贷行为中的逾期费用。
- 若逾期费用与正常利息相加后，年化利率未超过LPR四倍：则逾期费用（即使超过本金）在法律上是可能被认定为合法有效的，借款人需按合同约定履行还款义务。
- 若逾期费用与正常利息相加后，年化利率超过了LPR四倍：则超出部分的逾期费用是不受法律保护的，借款人无需偿还超出部分。
二、合同约定与逾期费用合法性
合同明确且未超上限：
- 若贷款合同中对于逾期费用的计算方式有明确、合理的约定，并且按照该约定计算出的逾期费用加上正常利息等费用，没有超过法定的利率上限，即使最终逾期费用超过了本金，这种情况下在法律上也是可能被认定为合法有效的。
合同约定不明或违法：
- 若合同对逾期费用的约定不清晰，或者约定的计算方式明显不合理、违法（如远超法定利率上限），那么这种约定可能会被法院认定为无效。在司法实践中，法院会根据公平原则、实际损失等因素对逾期费用进行调整，以确保借款人承担的责任合理合法。
三、借款人的权益保护
如果借款人认为贷款机构收取的逾期费用过高或不合法，可以通过以下途径来维护自身合法权益：
与贷款机构协商：
- 借款人可以主动与贷款机构沟通，表达还款意愿，同时指出逾期费用过高的问题，并要求按照法定利率计算费用。通过协商，制定合理的还款计划。
保留相关证据：
- 借款人应妥善保存借款合同、还款记录、催收通知等关键证据，以便在必要时维护自己的合法权益。
依法维权：
- 如遇暴力催收、违规收取高额费用等违法行为，借款人可以向金融监管部门、消费者权益保护机构等投诉举报，或通过诉讼途径解决纠纷。
四、具体计算示例
假设某贷款合同成立时一年期LPR为3.85%，则法定利率上限为3.85% * 4 = 15.4%。若借款人借款10万元，年利率为10%（未超上限），但逾期费用按日计算，且日利率高达0.1%（年化利率高达36.5%，远超上限）。在此情况下：
- 合法利息：10万元 * 10% = 1万元（一年）
- 合法逾期费用上限：10万元 * (15.4% - 10%) = 5400元（假设逾期一年，且仅计算超出正常利息的部分）
- 实际逾期费用（若按日利率0.1%计算）：10万元 * 0.1% * 365 = 36500元（远超合法上限）
因此，借款人只需偿还合法利息及合法逾期费用部分，超出部分无需偿还。
综上所述，逾期费用超过本金的贷款是否合法，需根据具体数额是否超过法定利率上限及合同约定来判断。借款人在面对此类情况时，应仔细核对合同条款和相关法律规定，以确保自己的权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。