针对您提出的“船只非法营运怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
船只非法营运，特别是非法载客行为，是严重违反我国多项法律法规的，将依据具体情况受到海事管理机构、公安机关交通管理部门及交通运输主管部门的严厉处罚。这些处罚措施旨在维护水上交通安全秩序，保障人民群众的生命财产安全。
一、主要法律依据及处罚措施
《中华人民共和国内河交通安全管理条例》
- 该条例明确规定，船舶必须满足安全技术要求，不得超载或非法载客。
- 对于非法载客或超载的行为，海事管理机构可责令改正，并处以2万至10万元的罚款。
- 同时，可对责任船员暂扣适任证书6个月至吊销，并强制卸载超载船舶，费用由船舶所有人或经营人承担。
- 若造成严重后果，如人员伤亡或重大财产损失，将依法追究刑事责任。
《中华人民共和国海上交通安全法》
- 该法适用于沿海水域的一切船舶、设施和人员，规范海上交通活动。
- 对于未取得相关证书、不按规定标明信息、配备人员不符合规定等违法行为，对违法船舶、海上设施的所有人、经营人或管理人处2万至20万元罚款。
- 对船长、责任船员处2千至2万元罚款，并可暂扣船员适任证书3个月至12个月；情节严重的，吊销船员适任证书。
《中华人民共和国治安管理处罚法》
- 对于扰乱公共秩序、妨害公共安全的非法载客行为，如导致码头周边交通拥堵等，可适用此法进行处罚。
- 处罚措施包括处警告或200元以下罚款；情节较重的，处5日至10日拘留，并可并处500元以下罚款。
《中华人民共和国刑法》
- 若非法载客行为情节特别严重，造成重大人员伤亡、财产损失等后果，将依法追究刑事责任。
- 根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条关于交通肇事罪的规定，对违反交通运输管理法规，发生重大事故的责任人进行刑事处罚。
二、综合分析与建议
船只非法营运行为不仅违反了水上交通安全管理的相关规定，还可能触及道路运输、治安管理及刑法等多个法律领域。因此，船舶经营者及从业人员应严格遵守相关法律法规，杜绝非法营运行为的发生。
对于已经发生的非法营运行为，相关部门将依法采取相应的处罚措施，从行政处罚到刑事处罚不等。这些处罚措施旨在维护水上交通安全秩序，保护人民群众的生命财产安全。
建议：
- 船舶经营者应加强法律法规学习，确保船舶运营合法合规。
- 定期对船舶进行安全检查和维护，确保船舶满足安全技术要求。
- 加强对船员的培训和管理，提高船员的安全意识和法律意识。
- 如发现非法营运行为，应及时向相关部门举报，共同维护水上交通安全秩序。
希望以上解答能够对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时联系相关部门或专业律师。