结论：法官助理开庭时不在场，但判决书上却有其名字，这一行为是否合法，需结合具体情况判断，一般情况下不合法，但存在特殊情况可能合法。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下不合法
法律程序要求：
- 根据《中华人民共和国人民法院组织法》及相关司法解释，法官助理在审判活动中承担着重要的辅助工作，包括但不限于审查诉讼材料、组织庭前证据交换、接待诉讼参与人、准备与案件审理相关的参考资料、协助法官进行调解、草拟法律文书等。
- 若法官助理未参与庭审，却在判决书上署名，这违反了法律程序对审判人员参与庭审的要求，可能影响判决的公正性和合法性。
署名责任：
- 判决书上的署名代表着对判决内容的认可和负责。法官助理若未参与庭审，对案件事实和法律适用可能缺乏直接了解，其署名可能构成对审判责任的逃避或不当承担。
当事人权益：
- 当事人有权知道参与审判的人员及其职责，以确保审判的公正性和透明度。法官助理未参与庭审却署名，可能损害当事人的知情权，进而影响其对判决的接受度和信任度。
二、特殊情况下可能合法
法律或司法解释的特别规定：
- 在某些特殊情况下，法律或司法解释可能允许法官助理在未参与庭审的情况下署名。例如，若法官助理在庭前或庭后承担了大量辅助工作，且这些工作对判决的形成具有重要影响，法律或司法解释可能规定其可以署名。但这种情况较为罕见，且需有明确的法律依据。
法院内部管理或工作安排：
- 在极少数情况下，由于法院内部管理或工作安排的原因，法官助理可能未直接参与庭审，但仍在判决书的形成过程中发挥了重要作用。然而，这种情况应严格遵循法院的内部规定和程序，且需确保当事人的权益不受损害。若法院无法提供合理的解释和依据，则这种行为仍可能被视为不合法。
三、法律建议
对于当事人：
- 若发现法官助理未参与庭审却署名，当事人有权向法院提出异议，并要求法院对此进行解释和说明。
- 当事人还可以考虑向上级法院或相关监督机构反映情况，以维护自己的合法权益。
对于法院：
- 法院应加强对审判人员的培训和管理，确保审判活动的合法性和公正性。
- 法院应建立健全内部监督机制，对审判人员的行为进行规范和约束，防止类似情况的发生。
进一步思考：在司法实践中，审判活动的合法性和公正性至关重要。法官助理作为审判团队的重要成员，其参与庭审和署名行为应严格遵循法律程序和规定。若出现法官助理未参与庭审却署名的情况，不仅可能损害当事人的权益，还可能影响司法公信力和权威性。因此，法院和审判人员应高度重视这一问题，并采取有效措施加以解决。若您遇到相关问题，可直接向我咨询，我会结合具体情况为您提供专业的法律意见。