在处理男方出轨且涉及两个孩子抚养权判决的问题时，法院会依据一系列法律原则和具体考量因素来做出决定，以确保孩子的身心健康和合法权益得到最大保障。以下是对此问题的详细解答：
一、判决原则
最有利于未成年子女原则：这是法院判决抚养权时的首要原则，即判决结果应优先考虑子女的权益和福祉，确保他们能在健康、稳定的环境中成长。
综合考量因素：除了男方的出轨行为，法院还会综合考虑双方的经济条件、生活环境、教育能力、与子女的感情状况、品德行为等多方面因素。
二、具体判决情况
两周岁以下子女：
- 原则上，两周岁以下的子女由母亲直接抚养，因为母亲在哺乳期间对子女的照顾更为直接和细致。
- 但如果母亲存在严重疾病、不尽抚养义务或其他不利于子女成长的情况，父亲也有可能获得抚养权。
两周岁以上八周岁以下的子女：
- 对于这个年龄段的子女，父母双方均要求直接抚养的，法院会优先考虑条件较好的一方。出轨行为本身可能不是决定性因素，但会成为法院评估父母品德和家庭环境的一个方面。
- 如果出轨方存在家暴、遗弃、虐待等恶习或严重疾病，或者另一方有更适合抚养子女的条件（如经济条件更好、生活环境更稳定、教育能力更强等），则更有利于获得抚养权。
八周岁以上的子女：
- 对于这个年龄段的子女，法院会尊重他们的真实意愿。如果子女明确表示愿意跟随某一方生活，且该方具备抚养能力，法院通常会考虑子女的选择。
三、出轨行为的影响
- 出轨行为虽然可能对法院的判决产生一定影响，但它并非决定性因素。法院更关注的是如何确保孩子的最佳利益和健康成长，因此会全面考虑各种因素，包括父母的抚养能力、与孩子的感情联系、品德行为等。
- 如果出轨行为情节恶劣，如长期与他人同居、对家庭造成极大伤害等，可能会影响法院对出轨方抚养能力的评估，从而间接影响抚养权的判决。
四、特殊情况下的处理
协议离婚：如果双方能够就抚养权问题达成一致意见，可以通过协议离婚的方式解决。在这种情况下，抚养权的归属可以由双方自行协商确定，并写入离婚协议书中。
共同抚养：在某些情况下，法院可能会判决双方共同抚养子女。这意味着父母双方都有抚养子女的权利和义务，需要共同协商和决定子女的成长和教育问题。
五、建议
- 离婚和抚养权判决是复杂的法律问题，涉及大量的法律规定和司法实践。因此，在处理此类问题时，建议咨询专业的律师或法律顾问，以获得更具体、更准确的法律建议和帮助。
- 在诉讼过程中，双方需要提供相关证据来支持自己的主张。对于出轨方，可能需要提供证据证明其具备良好的抚养能力和条件；对于非出轨方，则需要提供证据证明对方的不当行为以及自己更适合抚养子女。
综上所述，法院在判决两个孩子抚养权时，会综合考虑多种因素，以确保孩子的身心健康和合法权益得到最大保障。出轨行为虽可能影响判决，但并非决定性因素。在实际操作中，应寻求专业法律建议，以确保自身权益得到充分保护。