在建设工程领域，当遇到垫资司法解释规定不给利息，但《保障中小企业款项支付条例》规定支付利息的情况时，应依据具体情形和法律规定来综合处理。以下是对此问题的详细分析：

1. 垫资司法解释的相关规定：

   • 根据相关司法解释，在建设工程合同中，如果双方约定了垫资，但未约定垫资利息的，承包人请求按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率支付利息的，人民法院通常不予支持。这是因为垫资行为本身属于双方自愿的商业行为，且未明确约定利息，因此法律上倾向于不强制支付利息。

2. 《保障中小企业款项支付条例》的相关规定：

   • 《保障中小企业款项支付条例》是为了保障中小企业款项得到及时支付，缓解中小企业资金压力而制定的。该条例明确规定，机关、事业单位和大型企业迟延支付中小企业款项的，应当支付逾期利息。如果双方对逾期利息的利率有约定的，约定利率不得低于合同订立时1年期贷款市场报价利率；未作约定的，按照每日利率万分之五支付逾期利息。这一规定体现了对中小企业权益的特别保护。

3. 两者冲突时的处理原则：

   • 当垫资司法解释与《保障中小企业款项支付条例》在利息支付问题上产生冲突时，应优先考虑适用《保障中小企业款项支付条例》。这是因为该条例是专门针对中小企业款项支付问题制定的，具有更强的针对性和保护性。特别是当承包方为中小企业时，其权益应得到更充分的保障。
   • 如果承包方并非中小企业，或者双方并未明确约定适用《保障中小企业款项支付条例》，那么在处理利息支付问题时，应更多地依据垫资司法解释的相关规定，即未约定利息的，通常不支持支付利息。

4. 实际操作建议：

   • 在签订建设工程合同时，双方应明确约定垫资利息的支付方式和标准，以避免后续纠纷。
   • 如果承包方为中小企业，且担心款项支付问题，可以在合同中明确约定适用《保障中小企业款项支付条例》的相关规定，以确保自身权益得到充分保障。
   • 在发生纠纷时，双方应首先尝试通过协商解决；协商不成的，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。

总结来说，在处理建设工程垫资利息支付问题时，应综合考虑垫资司法解释和《保障中小企业款项支付条例》的相关规定，并根据具体情况选择适用。如果承包方为中小企业，且合同中有明确约定或符合条例规定，那么应依法支付逾期利息。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。