农村自建房使用集装箱是否合法，需分情况讨论，具体如下：
作为临时建筑且经过审批
- 合法性分析：根据《中华人民共和国土地管理法》第五十七条，建设项目施工和地质勘查需要临时使用土地的，应依法取得相关临时建设审批手续。若集装箱房作为临时性生产、生活用途，并获得了相应的审批，则其建设是合法的。例如，在农村地区，若因农业活动或临时项目需要，经相关部门批准后搭建集装箱房作为临时住所或仓库，是符合法律规定的。
- 注意事项：临时使用土地期限一般不超过二年，且使用者应当按照临时使用土地合同约定的用途使用土地，不得修建永久性建筑物。
符合宅基地相关规定和乡村规划并经过审批
- 合法性分析：依据《中华人民共和国土地管理法》第六十二条，农村村民建住宅应符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田。若集装箱房用于居住，且位置符合宅基地申请条件，经过了相关部门审批，则建设行为合法。这意味着，如果农村村民希望在宅基地上使用集装箱建造房屋作为永久住所，必须确保该行为符合当地的土地利用规划和村庄规划，并获得相应的审批。
- 实际操作：在实际操作中，由于集装箱房屋的特殊性，可能需要额外的审批流程或满足特定的条件，如结构安全、消防安全等。
不改变土地用途或已办理审批
- 合法性分析：在农用地上建设集装箱房，若未改变土地用途或已办理合法的农用地转用审批手续，则不违反土地管理规定。例如，若集装箱房用于农业设施，如临时存放农具或农产品，且未改变农用地的性质，则可能是合法的。
- 风险提示：然而，如果未经批准擅自改变土地用途，如将农用地用于非农业建设，则可能面临法律责任。
非法情况及后果：
- 未获得审批许可：未经任何审批程序擅自建设集装箱房，无论位置如何，均属违法。根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，未在乡、村庄规划区内依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定建设的，属违法行为，可能面临责令停止建设、限期改正或拆除等处罚。
- 改变土地用途：若集装箱房建设在农用地上且未办理农用地转用审批手续，则违反了土地管理规定，可能面临罚款、责令恢复土地原状等法律责任。
法律建议：
- 在建造集装箱房前，务必咨询当地相关部门（如自然资源主管部门、城乡规划主管部门等）以获取准确的法律意见和指导。
- 确保集装箱房的建设符合当地的土地利用规划、村庄规划和相关审批要求。
- 如果集装箱房用于居住，还需考虑结构安全、消防安全等因素，并可能需要满足额外的审批条件。
总结与风险提示：农村自建房使用集装箱的合法性取决于多种因素，包括是否获得审批、是否符合土地利用规划和村庄规划、是否改变土地用途等。未经严格审查和批准擅自建造集装箱房存在被认定为非法建筑的风险，且可能无法获得房产证等产权证明，导致产权归属、交易等方面存在法律风险。因此，在建造前务必进行充分的法律咨询和规划。