结论：国有土地变为永久基本农田后，若因水库蓄水被淹，农民作为农村土地承包经营权证的权利人，有权获得相应的赔偿。具体赔偿情况需根据土地性质、淹没原因及当地政策综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、土地性质与赔偿权利
国有土地与承包经营权：
- 国有土地通常指国家所有的土地，但在此情境下，若农民持有农村土地承包经营权证，说明该土地虽为国有，但已通过合法程序承包给农民使用。
- 承包经营权是农民对土地享有的一种用益物权，包括占有、使用、收益的权利。因此，当土地因水库蓄水被淹时，农民作为承包经营权人，有权主张赔偿。
永久基本农田的特殊性：
- 永久基本农田是耕地中的精华，受到国家严格保护。若国有土地被划定为永久基本农田，其保护级别更高。
- 当永久基本农田因水库蓄水等公共利益项目被淹时，农民不仅享有承包经营权的赔偿权利，还可能涉及国家对基本农田保护的特殊补偿政策。
二、淹没原因与赔偿依据
水库蓄水作为公共利益项目：
- 水库蓄水通常是为了防洪、灌溉、供水等公共利益目的。当这些项目导致农民土地被淹时，农民有权获得赔偿。
- 赔偿依据可能包括《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国水法》等相关法律法规，以及地方政府针对水库蓄水等公共利益项目制定的具体补偿政策。
赔偿内容与标准：
- 赔偿内容通常包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费等。
- 赔偿标准因地区而异，需参考当地政府发布的补偿标准文件。一般来说，补偿标准会考虑土地类型、土地质量、地上附着物价值等因素。
三、实际操作与建议
了解当地政策：
- 农民应首先了解当地政府针对水库蓄水等公共利益项目制定的补偿政策，包括补偿标准、申请流程等。
收集证据材料：
- 农民应收集土地承包经营权证、土地被淹前后的照片或视频、地上附着物清单等证据材料，以证明自己的损失和赔偿权利。
与相关部门协商：
- 农民可以与当地水利部门、土地管理部门等相关部门进行协商，提出自己的赔偿要求，并依据相关法律法规和政策进行争取。
寻求法律援助：
- 若协商无果，农民可以寻求法律援助或咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、特殊情况考虑
若土地被淹与水库管理不善有关：
- 如果土地被淹是由于水库管理不善、设计缺陷或操作失误等原因造成的，农民除了可以主张上述赔偿外，还可以考虑向水库管理单位或相关责任方提出额外的损害赔偿要求。
若涉及生态保护补偿：
- 在某些情况下，水库蓄水可能涉及生态保护补偿机制。如果农民的土地因生态保护需要而被淹，他们可能还有权获得生态保护补偿。这需要根据具体的生态保护政策和项目来确定。
最后，国有土地变为永久基本农田后因水库蓄水被淹的赔偿问题涉及多个方面，包括土地性质、淹没原因、当地政策等。农民应充分了解自己的权利和义务，积极收集证据材料，与相关部门进行协商，并在必要时寻求法律援助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。