将两层住房改成仓库是否合法，这主要取决于当地的土地用途规划、房屋用途规定以及是否满足相关的建筑和消防安全标准。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 土地用途规划：

   • 土地用途通常由当地的城乡规划或土地利用规划确定，包括住宅用地、商业用地、工业用地等。如果您的住房所在土地被规划为住宅用地，那么将其改为仓库可能违反了土地用途规划，需要获得相关部门的批准或进行土地用途变更手续。

2. 房屋用途规定：

   • 房屋的用途也可能受到当地法规或政策的限制。例如，某些地区可能明确规定住宅只能用于居住目的，不得改为商业或工业用途。在这种情况下，将住房改为仓库同样需要获得相关部门的许可。

3. 建筑和消防安全标准：

   • 即使土地用途和房屋用途允许将住房改为仓库，您还需要确保改造后的建筑满足相关的建筑和消防安全标准。这可能包括结构安全、防火分隔、疏散通道、消防设施等方面的要求。如果改造后的仓库不符合这些标准，可能会面临安全隐患和法律责任。

具体建议：

• 咨询当地规划部门：首先，建议您咨询当地的城乡规划或土地管理部门，了解您的住房所在土地的具体用途规划以及是否允许将其改为仓库。
• 了解房屋用途规定：同时，您也需要了解当地关于房屋用途的具体规定，以确定是否需要获得相关部门的许可。
• 进行建筑和消防安全评估：在决定改造前，建议您聘请专业的建筑和消防安全评估机构对住房进行评估，确保改造后的仓库满足相关标准。
• 办理相关手续：如果改造是合法的，您还需要按照当地的要求办理相关的手续，如土地用途变更、房屋用途变更、建筑许可等。

可能后果：

• 如果未经批准擅自将住房改为仓库，您可能会面临罚款、责令恢复原状等法律责任。
• 如果改造后的仓库存在安全隐患或不符合相关标准，您还可能面临更严重的法律后果，如停业整顿、吊销营业执照等。

综上所述，将两层住房改成仓库是否合法取决于多个因素。在做出决定前，建议您充分了解当地的法规和政策要求，并咨询专业人士的意见。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。