不起诉的案件案卷主要由公安机关负责保管，但人民检察院自侦的案件则由检察院自行保管。以下是详细分析：

1. 公安机关移送起诉的案件：

   • 当公安机关侦查终结并将案件移送人民检察院审查起诉时，若人民检察院决定不起诉，该侦查卷宗（即案卷）将由公安机关负责保管。
   • 公安机关会将不起诉决定书副本等相关法律文书存入侦查卷宗中，这样做是为了确保案件材料的完整性和可追溯性，以便在后续过程中，如发现新的事实或证据，能够迅速、准确地重新审查或调查案件。

2. 人民检察院自侦案件：

   • 对于人民检察院自行侦查的案件，若决定不起诉，则侦查卷宗由人民检察院自行保管。
   • 这些卷宗作为检察院办理案件的重要记录资料，对于后续可能的查阅、复查或其他法律程序需求具有重要意义。

3. 法律依据与实际操作的意义：

   • 根据《刑事诉讼法》的相关规定，当人民检察院决定对刑事案件不起诉时，案卷材料应当退回公安机关（或由检察院自行保管，如果是检察院自侦案件），并由保管单位确保这些案卷材料的合法性和规范性。
   • 不起诉决定并不意味着案件的彻底终结，而是基于当前证据和法律规定作出的阶段性处理。公安机关或检察院保管侦查卷宗，是为了维护法律的公正性和权威性，同时也为可能出现的法律纠纷或复议提供了有力的证据支持，从而保障了当事人的合法权益。

在实际操作中，无论是公安机关还是人民检察院，都应严格按照法律规定和程序要求，妥善保管好每一起不起诉案件的侦查卷宗。这不仅关乎案件材料的完整性和可追溯性，更关系到法律的公正执行和当事人的合法权益保护。

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