结论：在合同签订过程中，若合同主体为总公司，原则上应由总公司盖章以确保合同的合法性和有效性。分公司作为总公司的分支机构，在不具备独立法人资格的情况下，其盖章行为需依据总公司的授权或符合表见代理的构成要件方能产生法律效力。以下是对此问题的详细分析：
一、法律基础与分公司地位
法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》第十三条和第三十八条，公司可以设立分公司，分公司应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照，但分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。这意味着分公司并非独立的法律实体，而是依附于总公司存在。
分公司性质：
- 分公司作为总公司的分支机构，在法律上和经济上不具有独立性，其运营需在总公司授权范围内进行。因此，分公司无权以自身名义独立承担合同责任，除非获得总公司的明确授权。
二、合同效力与盖章规范
有效情况：
- 授权代理：若总公司明确授权分公司代表其签订特定合同或在一定业务范围内签订合同，且该授权被相对方所知悉并接受，则分公司盖章的合同对总公司具有约束力。
- 表见代理：即使分公司未经明确授权，但若相对方有理由相信分公司具有代理权（如分公司一直以总公司名义从事类似业务，且总公司未提出异议），则该合同仍可能被视为有效，总公司需承担相应责任。
无效或效力待定情况：
- 无权代理：若分公司无总公司授权或超越授权范围签订合同，且不构成表见代理，则该合同效力待定，需总公司事后追认才能生效。
- 盖章不规范：合同主体为总公司但加盖分公司印章，可能导致合同主体与盖章主体不一致，进而引发合同效力争议。
盖章建议：
- 为确保合同的合法性和有效性，建议明确合同主体并确保盖章主体与之一致。若合同主体为总公司，应优先加盖总公司的章。若确需分公司盖章，务必确保获得总公司的明确授权，并附有书面授权文件。
三、实践中的风险管理与建议
对于总公司：
- 出具授权委托书：如需分公司代签合同，应出具明确、具体的授权委托书，并告知相对方。授权委托书应明确授权范围、期限等关键信息。
- 加强监督与管理：定期对分公司签订的合同进行审查，确保其符合总公司利益和要求。同时，加强对分公司印章的管理和使用规范，确保印章使用的合法性和合规性。
对于交易相对方：
- 谨慎审查代理权限：在与分公司签订合同前，要求提供总公司的授权委托书，并核实其真实性和有效性。必要时，可通过正规渠道查询企业信息，了解总公司与分公司的组织架构。
- 确认合同主体：确保合同主体与盖章主体一致，如存疑义，应与总公司进一步核实或要求总公司在合同上盖章确认。
四、特殊情况处理
分公司无营业执照：
- 若分公司未领取营业执照，因其无经营资格和责任能力，所签合同的法律后果应由总公司承担。此时，相对方应以总公司为被告提起诉讼。不过按照法律规定，分公司应当领取营业执照，实际中若出现未领的情况，同样遵循此原则。
超越授权范围：
- 若分公司超越总公司授权范围签订合同，需总公司事后追认才能生效；若未获追认，则合同无效。在此情况下，相对人只能要求分公司承担责任，分公司管理财产不足以承担的，由总公司承担补充责任。
综上所述，虽然分公司在一定条件下可以代表总公司签订合同并盖章，但考虑到法律风险和实际操作中的复杂性，建议在签订合同时明确合同主体并加盖总公司的章。若确需分公司盖章，务必确保获得总公司的明确授权，并遵守相关法律法规及合同约定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。