货款和质保金的诉讼时效是分别起算的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、诉讼时效的起算点
货款诉讼时效的起算：
- 货款诉讼时效通常自债权人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在建设工程合同中，这通常意味着自工程验收合格、结算完成且付款条件成就时起算。如果合同中明确约定了付款时间，则自约定的付款时间届满之日起计算。
质保金诉讼时效的起算：
- 质保金作为工程质量的一种保证，其诉讼时效的起算与质保期的结束密切相关。质保期是合同双方约定的，对工程质量进行保证的期间。在质保期内，如果工程出现质量问题，承包人需负责修复。质保期结束后，如果无质量问题或问题已得到解决，发包人应退还质保金。因此，质保金的诉讼时效通常自质保期结束之日起计算。
二、分别起算的法律依据
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。货款和质保金作为两种不同的权利，其受到损害的时间点可能不同，因此诉讼时效的起算点也应分别计算。
- 货款和质保金在合同中往往有明确的约定，包括付款时间、质保期等。这些约定是双方真实意思的表示，也是确定诉讼时效起算点的重要依据。
三、实务中的操作建议
明确合同条款：
- 在签订建设工程合同时，应明确约定货款和质保金的付款时间、质保期等关键条款。这有助于在发生纠纷时，准确确定诉讼时效的起算点。
及时主张权利：
- 作为债权人，应在诉讼时效期间内及时主张权利，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。对于货款和质保金，应分别关注其诉讼时效的起算和届满时间。
保留证据：
- 在合同履行过程中，应妥善保留与货款和质保金相关的证据，如结算单、验收报告、质保金退还申请等。这些证据在发生纠纷时，将有助于证明债权人的权利。
四、可能的法律后果
- 如果债权人未在诉讼时效期间内主张权利，且债务人提出诉讼时效抗辩，则债权人可能丧失胜诉权。这意味着，即使债权人确实享有债权，也可能因超过诉讼时效而无法通过法律途径实现。
结论：货款和质保金的诉讼时效是分别起算的。在实际操作中，应明确合同条款、及时主张权利并保留相关证据，以避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。