结论：水井有备案但无许可证而按15元一吨缴费是否违法，需结合具体情况判断，主要涉及水井取水的合法性、水资源费征收的合法性以及收费标准的合理性三个方面。

一、水井取水的合法性

1. 许可证要求：

   • 根据《中华人民共和国水法》及相关规定，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定，向水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费。
   • 若水井未取得取水许可证，则属于非法取水行为。

2. 备案与许可证的区别：

   • 备案通常是对某种行为或状态的记录或报告，而许可证是行政机关对特定活动或行为的许可。
   • 仅有备案而无许可证，不能视为合法取水。

二、水资源费征收的合法性

1. 征收依据：

   • 水资源费是根据取水量和水资源费征收标准计算的费用，用于水资源的保护和管理。
   • 征收水资源费需有明确的法律依据和合法的征收程序。

2. 无许可证情况下的征收：

   • 若水井未取得取水许可证，则行政机关无权对其征收水资源费。
   • 即使水井有备案，也不能成为征收水资源费的合法依据。

三、收费标准的合理性

1. 标准制定：

   • 水资源费的征收标准通常由省级人民政府价格主管部门会同同级财政部门、水行政主管部门制定，并报本级人民政府批准后执行。
   • 收费标准需公开透明，并接受社会监督。

2. 无许可证情况下的收费：

   • 若水井未取得取水许可证，则任何单位或个人不得对其收取水资源费。
   • 即使收费标准为15元一吨，若缺乏合法依据，则该收费行为可能构成违法。

四、法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 非法取水可能面临行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。
   • 非法征收水资源费可能构成滥用职权或贪污等犯罪行为，需承担刑事责任。

2. 建议：

   • 若水井未取得取水许可证，应尽快向水行政主管部门申请办理。
   • 若对水资源费征收有异议，可向相关部门提出申诉或寻求法律援助。
   • 在任何情况下，都应遵守法律法规，确保取水行为的合法性和合规性。

总结：水井有备案但无许可证而按15元一吨缴费是否违法，需根据具体情况判断。若水井未取得取水许可证，则任何单位或个人不得对其征收水资源费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。