公司股东将出资款支付至法定代表人股东个人账户，并不能直接以此否认该股东的股东资格。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、股东资格的认定标准
股东资格的认定，通常基于股东是否实际履行了出资义务，以及是否被公司章程、股东名册等公司文件所记载。出资是股东取得股东资格的重要前提，但出资的方式和路径并非认定股东资格的唯一或决定性因素。股东将出资款支付至法定代表人股东个人账户，可能涉及出资流程的不规范，但并不直接等同于未履行出资义务。
二、出资款支付至法定代表人股东个人账户的法律后果
出资瑕疵：股东将出资款支付至非公司账户，可能构成出资瑕疵。出资瑕疵可能影响股东权利的行使，如分红权、表决权等，但并不直接导致股东资格的丧失。
法律责任：如果股东未按照公司章程或法律规定的方式履行出资义务，可能需要承担补足出资、赔偿损失等法律责任。然而，这些法律责任与股东资格的认定是两个独立的问题。
公司内部治理：公司应建立健全的财务管理制度，确保股东出资的合规性和透明度。如果股东将出资款支付至法定代表人股东个人账户，公司应及时采取措施予以纠正，并加强内部治理，防止类似情况再次发生。
三、否认股东资格的法定情形
根据《公司法》及相关司法解释，否认股东资格通常涉及以下情形：
未履行出资义务或抽逃全部出资：股东未履行出资义务或抽逃全部出资，经公司催告缴纳或者返还，其在合理期间内仍未缴纳或者返还出资的，公司可以股东会决议解除该股东的股东资格。但需要注意的是，这里的“未履行出资义务”或“抽逃全部出资”应指的是股东未向公司账户履行出资义务或抽逃公司账户中的全部出资。
虚假出资：股东以虚假手段取得股东资格的，如伪造出资证明、虚构出资事实等，公司或其他股东可以请求法院确认其不享有股东资格。
违法违规取得股东资格：股东通过违法违规手段取得股东资格的，如行贿、欺诈等，其股东资格可能被依法否认。
四、建议与风险提示
规范出资流程：股东应严格按照公司章程和法律规定的方式履行出资义务，确保出资款的合规性和透明度。避免将出资款支付至非公司账户，以减少不必要的法律风险。
加强公司内部治理：公司应建立健全的财务管理制度，加强内部治理，确保股东出资的合规性和公司财务的透明度。对于股东将出资款支付至非公司账户的情况，公司应及时采取措施予以纠正。
寻求法律帮助：如果股东或公司因出资问题产生纠纷，建议及时寻求专业律师的法律帮助，以维护自身合法权益。
结论：公司股东将出资款支付至法定代表人股东个人账户，并不能直接以此否认该股东的股东资格。股东资格的认定应基于股东是否实际履行了出资义务，以及是否被公司章程、股东名册等公司文件所记载。如果股东因出资问题产生纠纷，建议及时寻求专业律师的法律帮助。