针对您提出的“企业违反药品进口管理办法第四十条第六条怎么处罚”的问题，首先需要明确的是，直接针对《药品进口管理办法》第四十条第六条的具体处罚规定可能并未直接在该办法中详细阐述，而是可能引用了其他相关法规或条例中的处罚条款。不过，基于您提供的参考信息，我可以结合类似情境下的处罚规定，给出一个概括性的解答。
在药品管理领域，若企业违反了与药品进口、生产、经营等相关的安全管理制度（这类规定可能类似于您所提及的《药品进口管理办法》中的某条款，尽管具体条款号可能不同），通常会依据《易制毒化学品管理条例》或其他相关药品管理法规进行处罚。以《易制毒化学品管理条例》第四十条为例，该条例规定了对于未按规定建立安全管理制度的易制毒化学品生产、经营、购买、运输或进口、出口单位的处罚措施：
警告与责令改正：首先，由负有监督管理职责的行政主管部门给予警告，并责令限期改正。
罚款：同时，处以1万元以上5万元以下的罚款。
没收违法物品：对违反规定生产、经营、购买的易制毒化学品（在药品进口的语境下，可能涉及非法进口的药品或相关物质）可以予以没收。
停产停业整顿：若逾期不改正，将责令限期停产停业整顿。
吊销许可证：若逾期整顿不合格，将吊销相应的许可证。
应用到您的问题上：
虽然直接针对《药品进口管理办法》第四十条第六条的处罚可能未明确提及，但若该条款涉及的是药品进口过程中的安全管理制度违反，那么处罚原则很可能与上述《易制毒化学品管理条例》第四十条的规定相类似。即，企业可能会面临警告、罚款、没收违法物品、停产停业整顿乃至吊销许可证的处罚。
具体流程：
立案：监管部门发现涉嫌违法行为后，会进行审查并决定是否立案。
调查：对立案的案件，指定专人负责调查取证，确保程序合法、证据充分。
审查：对案件调查报告进行审查，提出处理意见。
告知：作出行政决定前，会制作《行政处罚事先告知书》送达当事人，告知其违法事实及享有的权利。
决定：制作行政决定书，载明行政处罚内容。
送达与执行：将行政处罚文书送达当事人，并依照生效的决定书执行相应的行政处罚。
综上所述，企业若违反药品进口相关的安全管理制度，可能会面临一系列严厉的行政处罚。因此，建议企业严格遵守相关法律法规，确保药品进口活动的合法性与安全性。