结论：在签订股权转让协议后未办理变更登记，公司就注销的情况下，能否要求支付合同款需分情况讨论，主要取决于股权转让协议的效力、公司注销的原因及责任归属等因素。

1. 股权转让协议的效力

• 有效协议：若股权转让协议系双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议是有效的。在此情况下，即使未办理变更登记，股权转让的实质已经发生，受让方有权依据协议要求转让方履行义务，包括支付合同款（若转让方为收款方，则此处指受让方支付转让款，但根据问题描述，我们理解为转让方已收款，现公司注销后受让方能否要求继续履行或赔偿等，核心在于转让方责任）。然而，由于公司已注销，直接要求公司支付合同款已不可能，需转向追究相关责任方的责任。
• 无效或可撤销协议：若股权转让协议存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫、显失公平等），则受让方有权要求撤销协议或确认协议无效，并据此要求返还已支付的款项或赔偿损失。但同样，由于公司已注销，需进一步分析责任归属。

2. 公司注销的原因及责任归属

• 正常注销：若公司因正常经营原因（如经营期限届满、股东会决议解散等）注销，且注销过程中已依法进行清算，那么公司的债务应由清算后的剩余财产承担。若剩余财产不足以清偿债务，且股东已依法履行了清算义务，则股东通常不承担额外责任。但在此情况下，若股权转让协议有效且受让方已支付款项，而转让方（即原股东）在公司注销前未将款项用于公司经营或未妥善处理公司债务，导致受让方权益受损，受让方有权要求转让方承担相应责任。
• 违法注销：若公司注销过程中存在违法行为（如未依法进行清算、隐匿财产等），导致债权人（包括股权转让的受让方）权益受损，那么相关责任方（如公司股东、董事、监事、高级管理人员等）应承担相应的法律责任。在此情况下，受让方有权要求这些责任方赔偿损失，包括已支付的合同款及因此产生的其他损失。

3. 具体法律建议

• 收集证据：首先，受让方应收集股权转让协议、付款凭证、公司注销的相关文件等证据，以证明自己的权益和公司的注销情况。
• 分析责任：其次，受让方应分析公司注销的原因及责任归属，确定可能的责任方。
• 协商或诉讼：最后，受让方可以与责任方进行协商，要求其承担相应责任；若协商不成，受让方可以向法院提起诉讼，要求责任方赔偿损失。

4. 可能的法律后果

• 若责任方被认定需承担责任：则责任方需向受让方支付合同款及可能产生的其他损失（如利息、诉讼费等）。
• 若责任方被认定无需承担责任：则受让方可能无法追回已支付的合同款，但可根据具体情况考虑其他救济途径（如向其他相关方追偿、申请破产债权等）。

综上所述，签订股权转让协议后未办理变更登记，公司就注销的情况下，能否要求支付合同款需根据具体情况分析。建议您根据实际情况收集证据、分析责任，并考虑通过协商或诉讼等途径维护自己的权益。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。